一个集成读取器、写入器和停靠小部件贡献的napari插件，使用新的npe2插件架构。
项目描述
workshop-demo
一个集成读取器、写入器和停靠小部件贡献的napari插件，使用新的npe2插件架构。
此napari插件是用Cookiecutter和@napari的cookiecutter-napari-plugin模板生成的。
安装
您可以通过pip安装workshop-demo
pip install workshop-demo
要安装最新开发版本
pip install git+https://github.com/DragaDoncila/workshop-demo.git
这是什么？
此插件被创建为使用新的napari npe2架构的插件的有意义示例。
它提供了一个读取器、一个写入器和两个停靠小部件，以支持打开、处理和写入细胞跟踪挑战数据。
我们提供了注释和示例测试，可以作为构建您自己的插件的参考。
使用此插件
样本数据
您可以从跟踪挑战网站下载此插件示例数据。任何2D+T序列都应该适用，但此插件仅与表达融合蛋白YFP-TIA-1的人肝癌细胞数据集进行了测试。
读取数据
此插件读取器是为符合数据规范中描述的文件格式的跟踪挑战分割黄金标准地面实况数据设计的。
地面实况数据仅提供了整个序列帧的一个子集。此读取器将尝试在地面实况数据目录的姊妹目录中找到相关序列的帧数，并打开具有相同帧数的标签层，从而确保标签数据正确地叠加到原始序列上。
分割数据
此插件提供的坞件之一是“按阈值分割”。该工具允许您在查看器中选择2D+T图像层（例如，上面的人肝癌数据集中的任何序列），并使用scikit-image阈值函数对其进行分割。
然后，分割结果作为标签层返回到查看器中。
突出显示分割差异
此插件提供的第二个坞件允许您通过计算两个之间的差异并将此作为层添加到napari查看器中，来直观地比较您的分割与地面实况数据。
要使用此工具，请从插件菜单中打开它，并选择您希望比较的两个层。
写入ZIP文件
最后，您可以将您的分割保存到ZIP文件中，其内部目录结构将非常类似于跟踪挑战数据集，这样就可以在查看器中再次打开。
要保存您的层，请选择“文件”->“保存选定的层”，选择一个标签层，然后从下拉选项中选择标签压缩器。
贡献
非常欢迎贡献。可以使用tox运行测试，请在提交pull request之前确保覆盖率至少保持不变。
许可证
根据BSD-3许可证发布，“workshop-demo”是免费和开源软件
问题
如果您遇到任何问题，请提交问题，并附带详细描述。
下载文件
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