Toil TES批处理系统

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此软件包包含从版本5.12后从Toil中移除的TES批处理系统实现。它允许Toil工作流引擎在实现GA4GH任务执行方案API的服务器上运行工作流。

如果您安装了它，Toil的新版本将检测到其安装，导入它，并允许您使用--batchSystem tes使用它。

安装

1. 创建并进入一个已安装Toil >=6.2的Python环境。

2. 克隆此存储库。

3. 进入您克隆存储库的目录。

4. 运行pip install .。

使用方法

要使用TES批处理系统，请使用--batchSystem tes运行工作流，并配置用户名和密码或令牌进行身份验证（见下文）。您可能还需要使用AWS作业存储，或通过网络访问的其他作业存储。

此插件为Toil添加以下选项

  --tesEndpoint TES_ENDPOINT
                        The http(s) URL of the TES server.
                        (default: http://<leader IP>:8000)
  --tesUser TES_USER    User name to use for basic authentication to TES server.
  --tesPassword TES_PASSWORD
                        Password to use for basic authentication to TES server.
  --tesBearerToken TES_BEARER_TOKEN
                        Bearer token to use for authentication to TES server.

可以使用以下环境变量进行配置

+----------------------------------+----------------------------------------------------+
| TOIL_TES_ENDPOINT                | URL to the TES server to run against when using    |
|                                  | the ``tes`` batch system.                          |
+----------------------------------+----------------------------------------------------+
| TOIL_TES_USER                    | Username to use with HTTP Basic Authentication to  |
|                                  | log into the TES server.                           |
+----------------------------------+----------------------------------------------------+
| TOIL_TES_PASSWORD                | Password to use with HTTP Basic Authentication to  |
|                                  | log into the TES server.                           |
+----------------------------------+----------------------------------------------------+
| TOIL_TES_BEARER_TOKEN            | Token to use to authenticate to the TES server.    |
+----------------------------------+----------------------------------------------------+

开发插件

在开发此插件时，请确保在Toil批处理系统API更改时更新所需的Toil版本范围。

要发布到PyPI，请确保您已配置帐户范围或项目范围的身份验证令牌。然后运行

python3.9 -m virtualenv venv
. venv/bin/activate
pip install setuptools wheel build twine
rm -Rf dist/
python -m build
ls dist/
twine upload dist/*