Molecular Dynamics数据的分析例程的命令行界面。
项目描述
taurenmd
Molecular Dynamics数据的分析例程的命令行界面。
Taurenmd提供了一个简单、灵活且可扩展的，命令行接口，用于最常见的（以及不那么常见的）Molecular Dynamics（MD）数据分析与表示例程。
它弥合了高度复杂（且强大）的Python库与缺乏编程技能、无法熟练使用这些库的非开发者用户之间的差距。 不仅如此，taurenmd还方便了高通量操作，甚至对于熟练的devs来说也是如此，因为复杂的执行被简化为单参数丰富的命令行，这些命令行可以连接或别名。
Taurenmd 将丰富的功能和高性能的 MD 分析库如 MDAnalysis 和 MDTraj 等围绕起来（但不仅限于此），将它们结合起来以提取这些领域的最佳实践。我们使用这些库来访问和提取 MD 数据并计算可观察量，并在需要时添加了自己的分析程序。使用此软件时，您应该引用 taurenmd 以及使用的依赖项，请阅读我们的 引用 页以获取详细说明。
尽管设计为命令行用户指导界面，但 taurenmd 的所有核心功能都是公开分发和记录的。目前，已有 几个命令行接口可用，一些仅执行单个任务，而其他则允许复杂的设置，所有这些都是 单行命令。
因此，taurenmd 旨在成为一个灵活和可扩展的软件，构建得尽可能简单和模块化，以适应所需的新功能。
文档
taurenmd 的完整文档可在：https://taurenmd.readthedocs.io 找到，请阅读那里的内容
安装方法
使用示例
引用
等等…
版本控制
本项目严格遵循 语义版本控制 2.0 进行版本控制。
在 1.0.0 版本发布后，对 master 分支的所有新增内容都通过 PR 完成，随后进行相应的版本增量并在 PyPI 上发布。
从 0.8 版本开始，在 1.0 版本之前，SV2 主版本增量反映在 次版本号 上，而次要和补丁增量共同反映在 补丁版本号 上。其他所有内容都遵循 SV2 规则，这样用户就可以在发生不兼容时追踪回溯。
变更日志
v0.11.2 (2022-07-14)
为 fext 添加输出目录选项 #66
v0.11.1 (2022-07-14)
更新 0.11 后的徽章 #65
v0.11.0 (2022-07-13)
删除 python-bioplottemplates
更新导出语句
为 taurenmd rotations 添加图形
为 taurenmd dist 添加图形
为 taurenmd rmsf 添加图形
为 taurenmd rmsd 添加图形
taurenmd dist 现在可以接受多个 –sel2，并将所有内容绘制出来
ParamsToDict 现在使用 ast.literal_eval
轨迹切片现在接受时间步长（例如 10ns）
v0.10.4 (2022-01-14)
更新 README 中的标志链接 #63
v0.10.3 (2021-12-11)
改进了 cli_rotations 的文档
添加了解释俯仰、横滚和偏航角度的插图
v0.10.2 (2021-12-03)
将帧时间步长和整个轨迹持续时间添加到 report 中 (#61)
v0.10.1 (2021-11-24)
使用 openmm.app.pdbxfile 在 libmda 中添加对 CIF 拓扑结构的支持
删除了安装*.yml gitactions
v0.10.0 (2021-11-24)
更新 MDAnalysis 到版本 2.0.0
为所有其他依赖项定义版本
更新 CI
v0.9.9 (2021-11-22)
纠正了一些客户端中 insort 参数的获取/传递。
v0.9.8 (2021-11-22)
使用扭转角策略升级俯仰、横滚和偏航角度的计算
删除了 PyQuaternion 的使用
v0.9.7 (2021-11-20)
改进轨迹报告 (#54)
v0.9.6 (2021-02-22)
删除 README 中的构建徽章：不需要。
在工作流程文件中添加了一些注释。
代码没有变化，只有 CI。
v0.9.5 (2021-02-17)
将 CI 升级为 Github Actions，根据：https://github.com/joaomcteixeira/python-project-skeleton
更新README徽章
0.9.4 (2020-06-02)
更新文档包含JOSS引用（PR #49）
0.9.3 (2020-05-25)
改进CONTRIBUTION.rst指南（PR #46）
0.9.2 (2020-05-17)
客户端进度现在由进度条表示（PR #44）
0.9.1 (2020-05-15)
改进了.taurenmd.cmd中的登录（PR #43）
0.9.0 (2020-05-15)
将-i添加到每个CLI接口（PR #42）
由于cli_imagemol失去了向后兼容性，进行了主要版本变更
0.8.14 (2020-05-12)
更新tox.ini文件以进行持续集成（PR #40）
0.8.13 (2020-05-12)
为使用MDTraj的CLIs添加了对轨迹序列的支持（PR #39）
0.8.12 (2020-05-04)
PR: #37
使用Conda环境直接安装taurenmd
0.8.11 (2020-04-03)
PR: #33
在.cwd中纠正了命令表示，在需要时添加引号
0.8.10 (2020-04-02)
PR: #32
在trajedit中纠正了MDAnalysis.analysis.alignto函数的错误用法
0.8.9 (2020-03-03)
更改了徽标，PR #28
0.8.8 (2020-02-03)
PRs: #25 #26 #27
为readthedocs添加了taurenmd徽标
在README中添加了taurenmd徽标
添加了taurenmd仓库横幅
改进了文档的详细信息
移除了.ci文件夹，不必要的
0.8.7 (2020-02-02)
PR #24
添加了PyPI下载徽章
改进了安装说明
改进并明确了贡献说明
0.8.6 (2020-01-20)
重新组织pip依赖：install_requires只包含bioplottemplates和pyquaternion
两个extras_require：sup和md以及all，同时考虑了两者
0.8.5 (2020-01-20)
PR #22
组织了PyPI的依赖关系
PyPI的依赖关系被称为install_requires
MDAnalysis和MDTraj在extras_require中引用
OpenMM从pip中删除，仅可在Anaconda中获得
0.8.4 (2020-01-19)
PR #15
添加了simtk lib导入检查以进行受控失败
添加了用户错误消息输出
0.8.3 (2020-01-19)
PR #16和#19
在ReadTheDocs中纠正了argparse autodoc（模拟策略）
通过更好的环境分离改进了tox配置
#19报告了TravisCI和覆盖率服务器之间的通信错误
0.8.2 (2020-01-17)
改进了CI工作流程 * 删除COVERALLS * 删除Codacy * 在CodeClimate中设置test-coverage * 创建了具有显式配置的.codeclimate.yml
更新徽章
0.8.1 (2020-01-15)
PR #14
在文档中纠正了版本显示
0.8.0 (2020-01-15)
PR #13
代码架构改进
完整的项目主文档
完整的库文档
命令行已记录
代码清理
0.7.2 (2019-12-25)
从0.7.1桥接而来
由于#1，删除了Appveyor和EXPLICIT Windows支持
重构了项目GitHub布局。弃用了develop分支。
Readthedocs文档在结构和内容上进行了改进。
0.7.0 (2019-12-23)
- 实现了cli_rotations，计算沿轨迹的俯仰、横滚和偏航角度
选择项的旋转角度。
0.6.0 (2019-12-15)
实现了cli_rmsf来计算RMSFs。
0.5.1（跳过到0.6.0）
将排序编号的轨迹添加到cli_trajedit
在库中添加了排序编号的轨迹路径
改进了cli_imagemol的可读性
在cli_noSol中添加了选择项
0.5.0 (2019-11-24)
创建了cli_angle。计算沿轨迹的平面之间的角度。平面由三个选择项的中心几何体给出。
将作为列表传递的args转换为元组
添加了距离计算和绘图界面cli_distances
trajedit现在保存未展开的拓扑
0.4.1 (2019-11-21)
重新编号版本为0.4.1，从0.3.1
RMSD Cli现在为多个选择项计算
解析绘图变量现在注册浮点数
纠正了fext cli入口点
为trajedit添加了对齐选项
从时间切片的第一帧写入拓扑模型
在trajedit中添加了来自MDAnalysis的unwrap()分子方法及其相应选项
拓扑输出现在默认为traj名称 + frame0.pdb
在__init__中添加了.myparents()到Path
0.3.0 (2019-11-06)
创建了develop分支
创建了用于帧提取的客户程序：cli_fext
在trajedit中添加了禁用导出frame0拓扑选项
0.2.1 (2019-10-26)
删除了py35
将MDAnalysis库从MDTraj中分离出来
libio 仅涉及通用函数
改进了imagemol I/O
0.2.0 (2019-10-26)
添加了cli_report
0.1.1 (2019-10-26)
修正了libio
基于MDAnalysis的轨迹加载现在可以读取和连接多个轨迹。
0.1.0 (2019-10-26)
添加了接口：* trajedit * noSol * imagemol * rmsd * cli模板
0.0.0 (2019-10-15)
在PyPI上的首次发布。
下载文件
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源分布
构建分布
taurenmd-0.11.2.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | a699cc554b265ce00a3a714c5dd2943923ef488d5af1abe507485b88b46e679c |
|
| MD5 | a74b71df6555b56d17a1e69c9c324fbd |
|
| BLAKE2b-256 | 882555ca3aa7395b9bb25ff3eb7b04083bb684f93c511e7af70e8bf28be2f2db |
taurenmd-0.11.2-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | a9ea205bc94623dc4afbc7a50c9cc7e10daa485f9b1ceaf63043ae73f79483af |
|
| MD5 | d0b5dbf6fd712b2b06647b0e26cec8a1 |
|
| BLAKE2b-256 | e3f8fff8fa97ee0711d23b9d99bddaadb907a17df1fd6b824ceccb54545de95a |