Python中的STAR文件I/O
项目描述
starfile
starfile 是一个用于在Python中读取和写入 STAR文件 的包。
starfile 可以交互式地检查/探索文件，或者在脚本和更大的软件包中使用以提供基本的STAR文件I/O功能。数据以简单的Python字典或 pandas数据框 暴露。
该包主要设计用于与由 RELION 生成的文件兼容。
有关使用数据框的更多信息，请参阅 pandas文档。
有关 starfile 的特定文档，请参阅 teamtomo.org/starfile
快速入门
对于以下文件 particles.star，它包含一个数据块
data_particles
loop_
_rlnCoordinateX #1
_rlnCoordinateY #2
_rlnCoordinateZ #3
_rlnAngleRot #4
_rlnAngleTilt #5
_rlnAnglePsi #6
_rlnMicrographName #7
91.798700 83.622600 203.341030 -51.740000 173.930000 32.971000 01_10.00Apx.mrc
97.635800 80.437000 203.136160 141.500000 171.760000 -134.680000 01_10.00Apx.mrc
92.415200 88.842700 210.663900 -78.750000 173.930000 87.263200 01_10.00Apx.mrc
94.607830 93.135410 205.425960 -85.215000 167.170000 85.632200 01_10.00Apx.mrc
86.187800 80.125400 204.558750 14.910000 163.260000 -16.030000 01_10.00Apx.mrc
91.824240 76.738300 203.794280 39.740000 168.410000 -57.250000 01_10.00Apx.mrc
98.253300 73.530100 203.856030 73.950000 166.380000 -84.640000 01_10.00Apx.mrc
101.303500 80.290800 194.790400 -178.878000 166.090000 73.181000 01_10.00Apx.mrc
读取文件
import starfile
df = starfile.read('particles.star')
与数据交互
df['rlnCoordinateX'] += 10
df.head()
rlnCoordinateX rlnCoordinateY rlnCoordinateZ rlnAngleRot rlnAngleTilt rlnAnglePsi rlnMicrographName
0 101.79870 83.62260 203.34103 -51.740 173.93 32.9710 01_10.00Apx.mrc
1 107.63580 80.43700 203.13616 141.500 171.76 -134.6800 01_10.00Apx.mrc
2 102.41520 88.84270 210.66390 -78.750 173.93 87.2632 01_10.00Apx.mrc
3 104.60783 93.13541 205.42596 -85.215 167.17 85.6322 01_10.00Apx.mrc
4 96.18780 80.12540 204.55875 14.910 163.26 -16.0300 01_10.00Apx.mrc
将（修改后的）数据保存到文件
starfile.write(df, 'modified_particles.star')
有关更高级的使用，请查看示例。
安装
pip install starfile
下载文件
下载适合您平台的应用程序。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源代码分布
starfile-0.5.8.tar.gz (28.0 kB 查看哈希值)
构建分布
starfile-0.5.8-py3-none-any.whl (10.5 kB 查看哈希值)
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starfile-0.5.8.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 877698060dbf729e90cae4094d0137dbe1a138ca0fab98ad851d468e59be3d29 |
|
| MD5 | 0a3dbf19614e49a3051d1d9dc2ef75fc |
|
| BLAKE2b-256 | f34c77325b54ea30e7792db918d878ca0209f20f1a7342838a05d46afca1774d |
关闭
starfile-0.5.8-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 54789d1990e73ea81eb802c489739896a056fecd68b83141de16e804cc0a4ac8 |
|
| MD5 | d5331024b4949a80a0c4172541503aa3 |
|
| BLAKE2b-256 | 11e75f41b7bc96b552f3cb8bd355b2a60e3fd839a5df08b876f346f85dc425df |