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语义映射推理器和汇编器

项目描述

SeMRA

Tests PyPI PyPI - Python Version PyPI - License Documentation Status Codecov status Cookiecutter template from @cthoyt Code style: black Contributor Covenant

语义映射推理器和汇编器

DOI

此软件提供

  1. 语义映射的对象模型(基于SSSOM)
  2. 在规模上组装和推理语义映射的功能
  3. 自动生成映射的来源模型
  4. 在编目者级、映射集级和社区反馈级粒度的置信度模型

🚀 安装

最新版本可以从PyPI安装

pip install semra

最新代码和数据可以直接从GitHub安装

pip install git+https://github.com/biopragmatics/semra.git

👏 贡献

贡献,无论是提交问题、提交拉取请求还是分支,都是受欢迎的。有关参与的更多信息,请参阅CONTRIBUTING.md

👋 赋值

⚖️ 许可协议

本包中的代码采用MIT许可证。

🍪 Cookiecutter

本包是由@audreyfeldroycookiecutter包使用@cthoytcookiecutter-snekpack模板创建的。

🛠️ 开发者指南

查看开发者说明

README的最后一部分是为那些想通过代码贡献来参与其中的人准备的。

开发安装

要使用开发模式安装,请使用以下命令

git clone git+https://github.com/biopragmatics/semra.git
cd semra
pip install -e .

🥼 测试

在克隆存储库并使用pip install tox安装tox后,可以使用以下命令反复运行tests/文件夹中的单元测试

tox

此外,这些测试会自动在GitHub Action的每次提交中重新运行。

📖 构建文档

可以使用以下命令在本地构建文档

git clone git+https://github.com/biopragmatics/semra.git
cd semra
tox -e docs
open docs/build/html/index.html

文档会自动安装包以及setup.cfg中指定的docs额外内容。sphinx插件如texext可以添加到其中。此外,它们还需要添加到docs/source/conf.py中的extensions列表。

可以使用ReadTheDocs使用本指南将文档部署到。该.readthedocs.yml YAML文件包含您所需的所有配置。您还可以在GitHub上设置持续集成,以检查Sphinx是否可以在隔离环境中构建文档(即,使用tox -e docs-test),以及ReadTheDocs也可以构建它。

📦 制作发布版本

在开发模式下安装包并使用pip install tox安装tox后,制作新版本的命令包含在tox.ini中的finish环境中。请在shell中运行以下命令

tox -e finish

此脚本执行以下操作

  1. 使用Bump2Versionsetup.cfgsrc/semra/version.pydocs/source/conf.py中的版本号切换为不带-dev后缀
  2. 使用build将代码打包成tar存档和wheel
  3. 使用twine上传到PyPI。请确保已配置.pypirc文件以避免在此步骤中需要手动输入
  4. 推送到GitHub。您需要创建一个发布版本,与提升版本的提交相对应
  5. 将版本提升到下一个补丁级别。如果您进行了较大的更改并希望通过次要版本提升版本,您可以在之后使用tox -e bumpversion -- minor

项目详情


下载文件

下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。

源分发

semra-0.0.9.tar.gz (482.3 kB 查看哈希值)

上传时间

构建分发

semra-0.0.9-py3-none-any.whl (78.3 kB 查看散列值)

上传时间 Python 3

支持者

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