语义映射推理器和汇编器
项目描述
SeMRA
语义映射推理器和汇编器
此软件提供
- 语义映射的对象模型(基于SSSOM)
- 在规模上组装和推理语义映射的功能
- 自动生成映射的来源模型
- 在编目者级、映射集级和社区反馈级粒度的置信度模型
🚀 安装
最新版本可以从PyPI安装
pip install semra
最新代码和数据可以直接从GitHub安装
pip install git+https://github.com/biopragmatics/semra.git
👏 贡献
贡献,无论是提交问题、提交拉取请求还是分支,都是受欢迎的。有关参与的更多信息,请参阅CONTRIBUTING.md。
👋 赋值
⚖️ 许可协议
本包中的代码采用MIT许可证。
🍪 Cookiecutter
本包是由@audreyfeldroy的cookiecutter包使用@cthoyt的cookiecutter-snekpack模板创建的。
🛠️ 开发者指南
查看开发者说明
README的最后一部分是为那些想通过代码贡献来参与其中的人准备的。
开发安装
要使用开发模式安装,请使用以下命令
git clone git+https://github.com/biopragmatics/semra.git
cd semra
pip install -e .
🥼 测试
在克隆存储库并使用pip install tox
安装tox
后,可以使用以下命令反复运行tests/
文件夹中的单元测试
tox
此外,这些测试会自动在GitHub Action的每次提交中重新运行。
📖 构建文档
可以使用以下命令在本地构建文档
git clone git+https://github.com/biopragmatics/semra.git
cd semra
tox -e docs
open docs/build/html/index.html
文档会自动安装包以及setup.cfg
中指定的docs
额外内容。sphinx
插件如texext
可以添加到其中。此外,它们还需要添加到docs/source/conf.py
中的extensions
列表。
可以使用ReadTheDocs使用本指南将文档部署到。该.readthedocs.yml
YAML文件包含您所需的所有配置。您还可以在GitHub上设置持续集成,以检查Sphinx是否可以在隔离环境中构建文档(即,使用tox -e docs-test
),以及ReadTheDocs也可以构建它。
📦 制作发布版本
在开发模式下安装包并使用pip install tox
安装tox
后,制作新版本的命令包含在tox.ini
中的finish
环境中。请在shell中运行以下命令
tox -e finish
此脚本执行以下操作
- 使用Bump2Version将
setup.cfg
、src/semra/version.py
和docs/source/conf.py
中的版本号切换为不带-dev
后缀 - 使用
build
将代码打包成tar存档和wheel - 使用
twine
上传到PyPI。请确保已配置.pypirc
文件以避免在此步骤中需要手动输入 - 推送到GitHub。您需要创建一个发布版本,与提升版本的提交相对应
- 将版本提升到下一个补丁级别。如果您进行了较大的更改并希望通过次要版本提升版本,您可以在之后使用
tox -e bumpversion -- minor
项目详情
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。
源分发
semra-0.0.9.tar.gz (482.3 kB 查看哈希值)
构建分发
semra-0.0.9-py3-none-any.whl (78.3 kB 查看散列值)
关闭
semra-0.0.9.tar.gz 的散列值
算法 | 散列值 | |
---|---|---|
SHA256 | e9f6dc4a9c8bba4fb13c1946f4167235dc53b9e4d2cf4ecf73a3cc8baab6be04 |
|
MD5 | 7a4ede7baffd55e8a002103dc7725f2b |
|
BLAKE2b-256 | 994053039201e429fe31abff55d6c513eba072481c1c618d0be044b35efcf36a |
关闭
semra-0.0.9-py3-none-any.whl 的散列值
算法 | 散列值 | |
---|---|---|
SHA256 | 20749e6d070e4d68b70ff23c0bd657f5ea60acf69f30096c4679d547912f78a4 |
|
MD5 | 1c5cba87e553c661aceeee23b992eff3 |
|
BLAKE2b-256 | 4f6f1a9c69c1d7712118016a612cce45e5d685cfd1d3eadc6c4dd7ff91bb4ba6 |