Python中的单细胞分析。

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  • 许可证： BSD许可证
  • 作者： Alex Wolf, Philipp Angerer, Fidel Ramirez, Isaac Virshup, Sergei Rybakov, Gokcen Eraslan, Tom White, Malte Luecken, Davide Cittaro, Tobias Callies, Marius Lange, Andrés R. Muñoz-Rojas
  • 维护者： Isaac Virshup
  • 要求： Python >=3.9
  • 提供额外： bbknn, dask, dask-ml, dev, doc, harmony, leiden, louvain, magic, paga, rapids, scanorama, scrublet, skmisc, test, test-full, test-min
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Scanpy – Python中的单细胞基因表达数据分析

Scanpy是一个可扩展的工具包，用于分析单细胞基因表达数据，与anndata共同开发。它包括预处理、可视化、聚类、轨迹推断和差异表达测试。基于Python的实现可以高效地处理超过一百万个细胞的集合。

在scverse 论坛上讨论用法。阅读文档。如果您想通过打开问题或创建拉取请求来贡献，请查看我们的贡献指南。

scanpy是scverse项目的一部分（网站，治理），并由NumFOCUS资助。如果您喜欢scverse并想支持我们的使命，请考虑对捐赠以支持我们的工作。

引用

如果您在工作中使用了scanpy，请按照以下方式引用scanpy出版物：

SCANPY：大规模单细胞基因表达数据分析

F. Alexander Wolf, Philipp Angerer, Fabian J. Theis

Genome Biology 2018 Feb 06. doi: 10.1186/s13059-017-1382-0.

您可以按照以下方式引用scverse出版物：

scverse项目为单细胞组学数据分析提供了一个计算生态系统

Isaac Virshup, Danila Bredikhin, Lukas Heumos, Giovanni Palla, Gregor Sturm, Adam Gayoso, Ilia Kats, Mikaela Koutrouli, Scverse社区, Bonnie Berger, Dana Pe’er, Aviv Regev, Sarah A. Teichmann, Francesca Finotello, F. Alexander Wolf, Nir Yosef, Oliver Stegle & Fabian J. Theis

Nat Biotechnol. 2023 Apr 10. doi: 10.1038/s41587-023-01733-8.

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scanpy-1.10.3.tar.gz (13.6 MB 查看哈希值)

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