rich-msa

一个简单的模块，使用rich在终端中渲染彩色多个序列比对。

🔧 安装

直接从PyPi安装rich-msa包，它托管通用的wheel，可以使用pip安装

$ pip install rich-msa

💡 示例

使用Biopython从对齐的FASTA文件中加载MSA，并将其渲染到终端

import Bio.AlignIO
import rich
from rich_msa import RichAlignment

msa = Bio.AlignIO.read("tests/data/swissprot-halorhodopsin.muscle.afa", "fasta")
viewer = RichAlignment(
    names=[record.id for record in msa],
    sequences=[str(record.seq) for record in msa],
)

panel = rich.panel.Panel(viewer, title="swissprot-halorhodopsin.muscle.afa")
rich.print(panel)

您应该得到类似以下图片的输出，根据您的终端宽度进行缩放：

🪛 命令行

如果您已从PyPI安装了rich-msa库，则可以直接使用它来查看任何对齐文件，前提是您已安装Biopython。

$ python -m rich_msa -i tests/data/swissprot-halorhodopsin.muscle.afa

使用-f标志将文件格式从默认的对齐FASTA格式更改为Biopython支持的任何对齐格式。

💭 反馈

⚠️ 问题跟踪器

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🏗️ 贡献

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⚖️ 许可证

此库受MIT许可证的许可。

本项目与原始Rich作者无任何关联、赞助或支持。它是由Martin Larralde在他的欧洲分子生物学实验室的Zeller团队的博士项目中开发的。