Cython绑定和Python接口，用于Tantan，这是一种快速识别DNA和蛋白质序列中重复的方法。

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  • 作者： Martin Larralde
  • 标签 生物信息学, 序列, 重复, 屏蔽
  • 要求： Python >=3.5
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Cython绑定和Python接口到Tantan，这是一种快速识别DNA或蛋白质序列中简单重复的方法。

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🗺️ 概述

Tantan是由Martin Frith[1]开发的一种快速方法，用于识别DNA或蛋白质序列中的简单重复。它可以用于屏蔽参考序列中的重复区域，并避免重复区域之间的错误同源性预测。

PyTantan是一个Python模块，它通过Tantan使用Cython提供绑定。它实现了一个用户友好的、Pythonic的接口，可以以各种参数屏蔽序列。它与Tantan接口交互，而不是与CLI交互，这有以下优点：

  • 无二进制依赖：PyTantan以Python包的形式分发，因此您可以将其添加到您的项目中作为依赖项，并停止担心在最终用户机器上存在tantan二进制文件。
  • 无中间文件：所有操作都在内存中发生，在您控制的Python对象中，因此您不需要使用子进程和临时文件调用Tantan CLI。
  • 更好的可移植性：Tantan使用SIMD加速比对评分，但不支持动态分发，因此必须在本地机器上编译才能使用本地CPU的全部功能。PyTantan包含几个版本的Tantan，每个版本都使用不同的目标功能编译，并在运行时为本地平台选择最佳版本。

🔧 安装

PyTantan适用于所有现代版本（3.6+），仅依赖于scoring-matrices包，并可选地依赖于轻量级的archspec包以进行运行时CPU功能检测。

可以从PyPI直接安装，其中包含Linux和MacOS的预构建轮件以及使用Cython编译所需的代码。

$ pip install pytantan

有关在您的机器上安装PyTantan的其他方法，请参阅文档的安装页面。

💡 示例

顶级函数pytantan.mask_repeats可用于屏蔽序列，而无需管理中间对象

import pytantan
masked = pytantan.mask_repeats("ATTATTATTATTATT")
print(masked)                 # ATTattattattatt

屏蔽符号（以及其他参数）可以作为关键字参数提供

import pytantan
masked = pytantan.mask_repeats("ATTATTATTATTATT", mask='N')
print(masked)                 # ATTNNNNNNNNNNNN

如果要迭代地使用相同参数屏蔽多个序列，请考虑创建一个RepeatFinder一次，并对每个序列调用mask_repeats方法，以避免资源重新初始化。

💭 反馈

⚠️ 问题跟踪器

发现了错误？有增强请求？如果您需要报告或询问某些内容，请前往GitHub问题跟踪器。如果您正在提交错误，请尽可能多地提供有关问题的信息，并尝试在简单、易于复制的环境中重现相同的错误。

🏗️ 贡献

欢迎贡献！有关详细信息，请参阅CONTRIBUTING.md。

📋 变更日志

本项目遵循语义版本控制并提供一个变更日志，格式为Keep a Changelog。

⚖️ 许可证

此库在GNU通用公共许可证v3.0或更高版本下提供。Tantan由Martin Frith开发，并按照GPLv3或更高版本的条款分发。有关更多信息，请参阅vendor/tantan/COPYING.txt。

本项目与Tantan作者无关，未得到赞助或以其他方式认可。该项目由Martin Larralde在莱顿大学医学中心的Zeller团队的博士项目中开发。

📚 参考资料

  • [1] Frith, Martin C. “A new repeat-masking method enables specific detection of homologous sequences.” Nucleic acids research vol. 39,4 (2011): e23. doi:10.1093/nar/gkq1212

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