🔥🦠 Pyrodigal-gv

A Pyrodigal 扩展，用于预测巨型病毒和具有替代遗传密码的病毒的基因。

🗺️ 概述

Pyrodigal 是一个 Python 模块，它提供了对基于动态规划的基因组学和宏基因组学高效基因发现方法 Prodigal 的 Cython 绑定。

pyrodigal-gv 是一个小的 pyrodigal 扩展模块，它提供了针对巨型病毒和采用替代遗传密码的病毒的额外宏基因组模型，最初由 Antônio Camargo 在 prodigal-gv 中提供。新模型如下

• 阿米巴原虫多噬菌体拟病毒
• 衣藻衣藻病毒
• 海藻类纤毛虫衣藻病毒
• VirSorter2 的 NCLDV 基因模型
• Topaz（遗传密码 15）
• Agate（遗传密码 15）
• 肠道噬菌体（遗传密码 15）
• 肠道噬菌体（遗传密码 11）× 5

🔧 安装

pyrodigal-gv 可以直接从 PyPI 安装，它包含所有所需的数据文件，是一个通用轮。

$ pip install pyrodigal-gv

💡 示例

只需使用提供的 ViralGeneFinder 类代替来自 pyrodigal 的常规 GeneFinder 类，新病毒模型将自动在 meta 模式下使用。

import Bio.SeqIO
import pyrodigal_gv

record = Bio.SeqIO.read("sequence.gbk", "genbank")

orf_finder = pyrodigal_gv.ViralGeneFinder(meta=True)
for i, pred in enumerate(orf_finder.find_genes(bytes(record.seq))):
    print(f">{record.id}_{i+1}")
    print(pred.translate())

ViralGeneFinder 有一个额外的关键字参数，viral_only，可以将其设置为 True 以仅使用病毒模型进行基因注释。

🔨 命令行

pyrodigal-gv 提供了一个类似于 Prodigal 和 pyrodigal 的非常简单的命令行。

$ pyrodigal-gv -i <input_file.fasta> -a <gene_translations.fasta> -d <gene_sequences.fasta>

与 prodigal 和 pyrodigal 不同，pyrodigal-gv 脚本默认以 meta 模式运行！可以通过 pyrodigal-gv -p single 运行在 single 模式下，但结果将与 pyrodigal 完全相同，那么你为什么要这样做呢？

🔖 引用

如果您使用 pyrodigal-gv 提供的功能超出基本 Pyrodigal 功能，请引用详细说明这些扩展的原始手稿。

Camargo, A. P., Roux, S., Schulz, F., Babinski, M., Xu, Y., Hu, B., ... and Kyrpides, N. C. (2023). Identification of mobile genetic elements with geNomad. Nature Biotechnology, 1-10.

Pyrodigal 是科学软件，在 Journal of Open-Source Software 上发表了一篇论文。如果您在学术工作中使用它，例如作为

Pyrodigal（Larralde，2022），一个绑定到 Prodigal（Hyatt 等人，2010）的 Python 库。

详细的参考文献可在 在线文档的出版物页面 上找到。

💭 反馈

⚠️ 问题跟踪器

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🏗️ 贡献

欢迎贡献！请参阅CONTRIBUTING.md以获取更多详细信息。

📋 更新日志

本项目遵循语义化版本控制，并提供更新日志，格式遵循Keep a Changelog。

⚖️ 许可证

本库在GNU通用公共许可证v3.0下提供。Prodigal代码由Doug Hyatt编写，并按GPLv3许可证分发。有关更多信息，请参阅vendor/Prodigal/LICENSE。巨型病毒和替代遗传代码病毒参数由Antônio Camargo创建。

本项目与原始Prodigal作者无关，未获得赞助或认可。它由Martin Larralde在欧洲分子生物学实验室的Zeller团队的博士项目期间开发。