pyrawr

Python封装ThermoRawFileParser命令行界面。

此Python模块使用ThermoRawFileParser CLI从质谱原始文件中检索运行元数据、特定光谱或特定XIC，直接作为Python列表和字典。支持将原始文件解析为其他文件格式。

安装

• 使用pip安装pyrawr

  $ pip install pyrawr
  

• 安装ThermoRawFileParser或Docker。

对于Docker，当前用户必须被添加到Docker组，即可以docker run调用，而不是sudo docker run。

用法

有关pyrawr的所有功能，请参阅完整的API文档。

将原始文件解析为任何支持的输出格式

>>> from pyrawr import ThermoRawFileParser
>>> trfp = ThermoRawFileParser(
...     executable="thermorawfileparser",
...     docker_image="quay.io/biocontainers/thermorawfileparser:1.3.3--ha8f3691_1"
... )
>>> trfp.parse("OR4_110719_OB_PAR14_sSCX_fr10.raw", output_format="mzml")

获取原始文件元数据

>>> trfp.metadata("OR4_110719_OB_PAR14_sSCX_fr10.raw")
{'FileProperties': [{'accession': 'NCIT:C47922', 'cvLabel': 'NCIT' ... }]}

查询特定光谱

>>> trfp.query("OR4_110719_OB_PAR14_sSCX_fr10.raw", "508,680")
[{'mzs': [204.8467254638672,
   262.4529113769531,
   309.53961181640625,
   ...

根据查询检索一个或多个色谱图

>>> trfp.xic(
...     "OR4_110719_OB_PAR14_sSCX_fr10.raw",
...     [{"mz":488.5384, "tolerance":10, "tolerance_unit":"ppm"}],
... )
{'OutputMeta': {'base64': False, 'timeunit': 'minutes'},
 'Content': [{'Meta': {'MzStart': 488.53351461600005,
    'MzEnd': 488.543285384,
    'RtStart': 0.007536666666666666,
    'RtEnd': 179.99577166666666},
   'RetentionTimes': [0.007536666666666666,
    0.022771666666666666,
    0.036936666666666666,
    ...

贡献

有错误、问题或建议吗？请自由在问题跟踪器中发布问题或提交拉取请求！更多信息请参阅Contributing.md。

该模块目前使用Python的subprocess.run()来访问ThermoRawFileParser。可能存在更好的方法可以直接访问ThermoRawFileParser库，绕过命令行界面。欢迎提出建议和PR。

变更日志

请参阅变更日志。