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为pymmcore-plus提供的MDA编写器

项目描述

pymmcore-MDA-writers

License PyPI Python Version Test codecov

此包为pymmcore-plus提供编写器。在撰写此内容时,pymmcore-plus提供了保存图像的钩子,但没有实现保存图像的任何机制(有关更新,请查看https://github.com/tlambert03/pymmcore-plus/pull/29)。目前提供的是

  1. 一个简单的多文件TIFF编写器 - 可用tifffile加载
  2. 一个简单的Zarr编写器 - 不是ome-zarr
pip install pymmcore-mda-writers

(这需要至少pymmcore-plus >=0.4.0,该版本尚未发布。您可以使用pip install git+https://github.com/tlambert03/pymmcore-plus安装一个可用的版本)

您需要添加到脚本中的所有内容是

# tiff writer
writer = SimpleMultiFileTiffWriter("data/tiff_writer_example/run")

# zarr writer
writer = ZarrWriter("data/zarr_writer_example/run", img_shape=(512, 512), dtype=np.uint16)

有关完整示例,请参阅示例文件夹。

项目详情


下载文件

下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解有关安装软件包的更多信息。

源分布

pymmcore_MDA_writers-0.5.0.tar.gz (11.4 kB 查看哈希)

上传时间:

构建分布

pymmcore_MDA_writers-0.5.0-py2.py3-none-any.whl (7.9 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 2 Python 3

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