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为pymmcore-plus提供的MDA编写器

项目描述

pymmcore-MDA-writers

License PyPI Python Version Test codecov

此包为pymmcore-plus提供编写器。在撰写此内容时,pymmcore-plus提供了保存图像的钩子,但没有实现保存图像的任何机制(有关更新,请查看https://github.com/tlambert03/pymmcore-plus/pull/29)。目前提供的是

  1. 一个简单的多文件TIFF编写器 - 可用tifffile加载
  2. 一个简单的Zarr编写器 - 不是ome-zarr
pip install pymmcore-mda-writers

(这需要至少pymmcore-plus >=0.4.0,该版本尚未发布。您可以使用pip install git+https://github.com/tlambert03/pymmcore-plus安装一个可用的版本)

您需要添加到脚本中的所有内容是

# tiff writer
writer = SimpleMultiFileTiffWriter("data/tiff_writer_example/run")

# zarr writer
writer = ZarrWriter("data/zarr_writer_example/run", img_shape=(512, 512), dtype=np.uint16)

有关完整示例,请参阅示例文件夹。

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