Python材料基因组学是一个强大的材料分析代码，它定义了结构的核心对象表示
项目描述
Pymatgen（Python 材料基因组）是一个强大、开源的 Python 材料分析库。以下是一些主要功能：
- 高度灵活的类，用于表示
Element、Site、Molecule和Structure对象。 - 广泛的输入/输出支持，包括对 VASP、ABINIT、CIF、Gaussian、XYZ 以及许多其他文件格式的支持。
- 强大的分析工具，包括生成相图、Pourbaix 图、扩散分析、反应等。
- 电子结构分析，如态密度和能带结构。
- 与 Materials Project REST API 的集成。
Pymatgen 可免费使用。但是，我们也欢迎您通过以下方式帮助改进此库：贡献您开发的其他工具或模块，或提出功能请求和错误报告。以下为 pymatgen 的资源：
- 官方文档
- 错误报告或功能请求：请提交 GitHub 问题。
- 通过 pull request 提交代码贡献是欢迎的。
- 对于不是错误报告或功能请求的问题，请使用
pymatgen的 MatSci 论坛 或打开 GitHub 讨论。 matgenb提供了一些示例 Jupyter 笔记本，演示了如何使用pymatgen功能。
为什么使用 pymatgen？
- 它相当健壮。 Pymatgen 被成千上万的科研人员使用，是 Materials Project 的分析代码。它产生的分析结果每天都要接受严格的审查。错误通常会被快速发现和纠正。Pymatgen 还使用 Github Actions 进行持续集成，这确保了每段新代码都通过了一套全面的单元测试。
- 它有很好的文档。 为了帮助您快速掌握它，已经编写了相当全面的文档。
- 它是开放的。 您可以自由使用和贡献
pymatgen。这也意味着pymatgen正在持续改进。我们将把您贡献的任何代码归功于您指定的任何出版物。为pymatgen做贡献意味着您的研究变得更加可见，这也意味着更大的影响。 - 它运行速度快。 Pymatgen 中的许多核心数值方法已经通过在
numpy/scipy中进行矢量化而优化。这意味着坐标操作非常快速。Pymatgen 还提供了一个完整的系统来处理周期性边界条件。 - 它将持续存在。 Pymatgen 不是一个宠物研究项目。它被广泛应用于成熟的材料项目。它也正在由 材料虚拟实验室、ABINIT 组和许多其他研究团队积极开发和维护。
- 不断增长的开发者及插件生态系统。Pymatgen 获得了来自世界各地的材料科学家的贡献。我们现在还拥有一个架构来支持扩展
pymatgen功能的插件。请查看贡献页面和插件页面以获取详细信息及示例。
安装
Python 包索引（PyPI）中的版本始终是最新稳定版本，相对无错误，可以通过 pip 安装。
pip install pymatgen
如果您想使用主分支上的最新未发布更改，可以直接从 GitHub 安装。
pip install -U git+https://github.com/materialsproject/pymatgen
最低 Python 版本是 3.10。某些额外功能（例如，POTCAR 生成）需要额外的设置（请参阅 pymatgen 文档）。
变更日志
请参阅GitHub 发布版、docs/CHANGES.md或按详细信息增加的顺序查看提交历史。
使用 pymatgen
请参阅官方的 pymatgen 文档 以获取教程和示例。
如何引用 pymatgen
如果您在研究中使用了 pymatgen，请考虑引用以下工作
Shyue Ping Ong, William Davidson Richards, Anubhav Jain, Geoffroy Hautier, Michael Kocher, Shreyas Cholia, Dan Gunter, Vincent Chevrier, Kristin A. Persson, Gerbrand Ceder. Python Materials Genomics (pymatgen): A Robust, Open-Source Python Library for Materials Analysis. Computational Materials Science, 2013, 68, 314-319. doi:10.1016/j.commatsci.2012.10.028
此外，pymatgen的一些功能是基于我们团队的计算材料科学家开发的科学进步/原则。请参阅pymatgen 文档以了解如何引用。
征求对第 2 篇 pymatgen 论文的贡献
如果您是长期 pymatgen 贡献者，并希望参与更新 pymatgen 发表的论文，请填写此共同作者注册表，或与@shyuep, @mkhorton 和 @janosh联系以提出问题。
许可证
Pymatgen 采用 MIT 许可证发布。许可证条款如下
MIT 许可证（MIT）版权所有（c）2011-2012 MIT & LBNL
特此授予任何获得本软件及其相关文档副本（“软件”）的人免费使用该软件的权利，不受限制地处理该软件，包括但不限于使用、复制、修改、合并、发布、分发、再许可和/或销售软件副本，并允许获得该软件的人进行上述操作，前提是满足以下条件
上述版权声明和本许可声明应包含在软件的所有副本或主要部分中。
软件按“原样”提供，不提供任何明示或暗示的保证，包括但不限于适销性、适用于特定目的和无侵权的保证。在任何情况下，作者或版权所有者均不对任何索赔、损害或其他责任承担责任，无论此类责任是基于合同、侵权或其他方式，源于、因之产生或与软件或其使用或其他交易有关。
关于 Pymatgen 开发团队
来自 材料虚拟实验室 的 Shyue Ping Ong (@shyuep) 在 2011 年启动了 Pymatgen 项目，并且至今仍然是项目负责人。Janosh Riebesell (@janosh) 和 Matthew Horton (@mkhorton) 是共同维护者。
pymatgen 开发团队 是所有对 pymatgen 项目做出贡献者的集合，包括所有子项目。
我们的版权政策
Pymatgen 采用共享版权模式。每个贡献者对其对 pymatgen 的贡献保持版权。但重要的是要指出，这些贡献通常是仅对仓库的更改。因此，pymatgen 的源代码作为整体，不是任何个人或机构的版权。相反，它是整个 pymatgen 开发团队 的集体版权。如果个别贡献者想记录他们具体拥有版权的更改/贡献，他们应在将更改提交到 pymatgen 仓库之一的提交消息中表明他们的版权。
hashes for pymatgen-2024.10.3-cp312-cp312-win_amd64.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | d278eab6be3ec420f52c1c82af4aba04cec5a7c2ca6a52534739f98302b10ee5 |
|
| MD5 | 0c37185e9ef0dc8903cffd59585964aa |
|
| BLAKE2b-256 | 3327efcc394f1796a70b417fba517226ca35150a1f8f3a15f4834b20850e45a1 |
hashes for pymatgen-2024.10.3-cp312-cp312-win32.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 367cf243e971e2e2751ca4514f99a9f5b96e78ef02e3cd2dd541c2e23b306ca5 |
|
| MD5 | 955e7873ebd6099d27da28fa42aa043c |
|
| BLAKE2b-256 | 2a487ef6f248e60c611469e399e73c450c07148c8dd2f045db64b9325123b118 |
hashes for pymatgen-2024.10.3-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | ffa71ea34a9b51e2ccfb9ab65ccbe64244acc9e370eb97bd2d384da38f2ec8c4 |
|
| MD5 | afb03118cd84342ed3d8c71cd5dbdb1b |
|
| BLAKE2b-256 | 7fe69d5c9affca5aa1bd33abc99c3d226705d351f2de9259afd07c27d5d3c3f7 |
hashes for pymatgen-2024.10.3-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | d9beadafe451358d0dbf11bc078d310448060e4f669b21eb6a9a75977964709c |
|
| MD5 | 6e77c03d00751218d9eddf8161cc5b3b |
|
| BLAKE2b-256 | 71a437a650b03fc1348fbd0d7768eb1df6d81ae59449d2f6064566347328864d |
hashes for pymatgen-2024.10.3-cp311-cp311-win_amd64.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | ee7fa9a986a9db04fb681dbe249f2d0595e6f0baea5c51271415685415adb427 |
|
| MD5 | 8cc3bbf01d45eee87f842980b44c0727 |
|
| BLAKE2b-256 | 92aaa7504c4469c50067d63bdbd2ef0f302a769f9e71ddc6379bf85cd4dc6251 |
hashes for pymatgen-2024.10.3-cp311-cp311-win32.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8d187b1f13f95f28f8f7d03c8da89b30abe94aa529543da2200dec2ff09a0d5e |
|
| MD5 | 319d2c42a7afa9b5a81ee8e5ae530e1d |
|
| BLAKE2b-256 | 7cd7d6a785a1d35409af520bc0e3134e36f70ea6a299aef5ce133f820a5f7834 |
hashes for pymatgen-2024.10.3-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 52abf47d09adcd6d44458e3349bcf0b12f13725d497ff385c4e202f542d53045 |
|
| MD5 | a693d2f0e8d2198fa38994f717c5100f |
|
| BLAKE2b-256 | 92b4fdfb3f0469129513ce3c72789e8dae8e9abf308dd883aeb28df79c5e2e1b |
hashes for pymatgen-2024.10.3-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 55bbbda999f3b0840eb314b7511fad8628b4ff51ad96445ecb3b7672347ff1c0 |
|
| MD5 | fa635345f75dca63711bf3890872dd13 |
|
| BLAKE2b-256 | 658bf9ad136660351cfcec6dad6c4d687aed311ef5c89a16d829250b033ba2dd |
hashes for pymatgen-2024.10.3-cp310-cp310-win_amd64.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | db58341d8d56560d4a3b574795cbd577511611ebfbc141c9567fb06afad3d57c |
|
| MD5 | d5bd3fc8eef5ea49d14d9970cf9b1600 |
|
| BLAKE2b-256 | 87a94828fb06f0bf422a95013f3e66bea159086e1c379a8bd03425e7e41437aa |
hashes for pymatgen-2024.10.3-cp310-cp310-win32.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 9bf737ab4e04e640af2c91a9e1dc78c5b7f20bb0e245485192bbf30163855220 |
|
| MD5 | 5d355c65ba3c9efecefe42fb50c0dfb2 |
|
| BLAKE2b-256 | be85812c2ebdc042a878462f7a26217ebf65f5d4b9f50b8d903ce6b8f547404d |
hashes for pymatgen-2024.10.3-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 54914e94887625083f7f788d266aaa8a9941aa759141e902c279dd78407ae923 |
|
| MD5 | 6c0a50ea6b7bbccd49493a54eb171bd9 |
|
| BLAKE2b-256 | abbb24b617ad00cee24a5957a632882336134878c24807bcecfd9287a6825586 |
哈希值 for pymatgen-2024.10.3-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl
| 算法 | hash摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | b20e382bbcd550eb4e41fc9a257d28b3f907e4ef4fb1e93c4fe6e626263540d3 |
|
| MD5 | d8f0704113f31de0ca8f25f1e1606299 |
|
| BLAKE2b-256 | d4b57a6a6b628095e715fd9ec3a1ff9d60f1430e41f8445bd5ba88583548b4d4 |
