pydra-dcm2bids

Pydra tasks for dcm2bids.

Pydra 是一个数据流引擎，它提供了一组轻量级抽象，用于DAG构建、操作和分布式执行。

dcm2bids 是一个工具，它简化了从DICOM数据集到按BIDS组织的NIfTI文件的转换。

安装

pip install pydra-dcm2bids

使用此包需要单独安装dcm2bids和dcm2niix。请查看以下说明。

可以使用以下命令与pydra-dcm2bids一起安装dcm2bids：

pip install 'pydra-dcm2bids[all]'

用法

from pydra.tasks import dcm2bids

task = dcm2bids.Dcm2Bids(
    dicom_dir="/path/to/dicom/dir",
    output_dir="/path/to/bids/dir",
    config_file="/path/to/config/file.json",
    participant_id="sub-01",
)

result = task()

您可以检查以下配置文件的示例。

开发

此项目由Hatch管理。

pipx install hatch

要运行测试套件

hatch run test:no-cov

要修复linting问题

hatch run lint:fix

要检查文档

hatch run docs:serve --open-browser

许可证

pydra-dcm2bids 根据Apache License, Version 2.0分发。