panphylo

panphylo 是一个免费且开源的系统发育数据转换和操作工具，特别适用于非生物数据集。

有各种类似工具，用于本地和远程执行。panphylo 的特点是专注于非生物起源的系统发育数据，特别是在历史语言学和谱系学领域。标准数据类型是标准，并关注多状态字符，其中最受欢迎的格式之一是文本表格（例如 CSV），这使得与这些领域使用的工具更容易集成。同样，我们的库提供现成的数据操作支持，例如自动二值化（带或不带鉴定字符的添加）、标签适应许多程序的约束（例如，将Unicode序列重新映射到ASCII但保持标识符的唯一性）、删除常量特征、添加鉴定校正字符等。

该库根据受广泛认可的 pandoc 工具的结构组织，该工具用于在文本文档格式之间进行转换，即“过滤器”，将不同的格式转换为具有多状态的内部分布。其他“过滤器”允许将此内部表示转换为不同的格式和方言，执行用户请求的操作。由于相同的数据格式可以指示为输入和输出，因此该工具还可以用于整理现有文件。

该库的名称是对“pandoc”的致敬和参考。它也是对它在谱系学领域的起源的提醒，指的是潘菲洛（“所有之爱者”），博卡丘的《十日谈》中的主要人物之一。本文档中使用的图片取自该作品的抄本，美丽的博德利安图书馆MS. Holkham 49（第148页）。

安装

在任何标准的Python环境中，可以使用以下命令安装panphylo

pip install panphylo

使用panphylo

如果未指定输入文件，则从stdin读取输入。默认情况下，输出到stdout。要输出到文件，请使用-o选项

panphylo -o data.nex data.csv

可以使用命令行选项显式指定输入和输出格式。可以使用-f/--from选项指定输入格式，使用-t/--to选项指定输出格式。因此，要将data.nex从NEXUS转换为PHYLIP，您可以输入：

panphylo -f nexus -t phylip data.nex

支持的输入和输出格式在“选项”部分下列出（有关输入格式，请参阅-f；有关输出格式，请参阅-t）。如果未显式指定输入格式，panphylo将尝试从文件内容中猜测它。如果未指定输出格式，它将尝试从文件扩展名中猜测，默认为CSV。

关于字符编码，panphylo使用UTF-8字符编码进行输出，在大多数情况下将限制为ASCII字符。如果您的本地字符编码不是UTF-8，您应该使用如iconv之类的工具将输出通过管道。可以使用-e选项指定输入编码，如果未提供，则自动检测（使用chardet库）。

panphylo使用的内部表示是专门的多状态表示，即使是从二进制数据转换而来也是如此，并且默认为多状态输出。要二值化数据（或“重新二值化”以允许执行实施的操作），可以使用b选项。

选项

替代方案

如前所述，有许多本地和远程执行的工具与 panphylo 有所重叠。它们通常支持更多格式，并提供更好的遗传数据支持，但并不总是提供数据操作方法，如二值化和去二值化，或标签转换。最常用的工具有

• 最常用的工具 readseq，可在多个在线界面找到，例如 [https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/cgi-bin/readseq.txt] 和 [http://avermitilis.ls.kitasato-u.ac.jp/readseq.cgi]

• EMBOSS seqret 工具，部分源自 readseq，在线界面为 [https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret/]

• LIRMM 的 Web 界面 [http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/data_converter.cgi]

• phangorn R 库中的 phyDat 方法，在 [https://rdrr.io/cran/phangorn/man/phyDat.html]

变更日志

版本 0.2

• 添加 Brython 支持，以在浏览器和 Web 界面中本地运行
• 输出生成的修正，主要与多状态数据相关（请注意，不建议在多状态数据上运行）

版本 0.1

• 首次公开发布

社区指南

虽然作者可以直接联系以获得支持，但建议第三方使用 GitHub 标准功能，如问题和拉取请求，以贡献、报告问题或寻求支持。

贡献指南，包括行为准则，可以在 CONTRIBUTING.md 文件中找到。

作者和引用

该库由 Tiago Tresoldi 开发（tiago.tresoldi@lingfil.uu.se）。该库是在 Cultural Evolution of Texts 项目的背景下开发的，并由 Riksbankens Jubileumsfond （协议 ID：MXM19-1087:1）资助。

如果您使用 panphylo，请引用如下

Tresoldi, T. (2022). panphylo: 转换和处理系统发育数据的工具。版本 0.3. 乌普萨拉：乌普萨拉大学

在 BibTeX 中

@misc{Tresoldi2021panphylo,
  url = {https://github.com/tresoldi/panphylo},
  year = {2022},
  author = {Tiago Tresoldi},
  title = {panphylo: a tool for converting and manipulating phylogenetic data. Version 0.3.},
  address = {Uppsala},
  publisher = {Uppsala Universitet}
}