OrthoANI

OrthoANI算法用于核苷酸同源性度量的Python实现。

🗺️ 概述

OrthoANI是Lee等人于2016年提出的一种度量，用于改进平均核苷酸同源性计算。它使用BLASTn在两个序列中找到直系同源块，然后只考虑相互直系同源的比对来计算平均同源性。

本项目是对作者在ezbiocloud.net上提供的闭源Java实现的重写。它依赖于Biopython来处理I/O和与BLAST+二进制的交互。

🔧 安装

使用pip安装是最简单的

$ pip install orthoani

orthoani还需要您的机器上安装BLAST+二进制文件，并使其在您的$PATH中可用。

💡 示例

使用Biopython加载两个FASTA文件，然后使用orthoani.orthoani计算它们之间的OrthoANI指标

import orthoani
from Bio.SeqIO import read

genome_1 = read("sequence1.fa", "fasta")
genome_2 = read("sequence2.fa", "fasta")

ani = orthoani.orthoani(genome_1, genome_2)

orthoani还可以通过一个简单的命令行界面从CLI使用

$ orthoani -q sequence1.fa -r sequence2.fa
0.5725

🐏 内存

orthoani使用机器临时文件夹来处理BLAST+输入和输出文件，这可以通过tempfile.tempdir进行配置。[https://docs.pythonlang.cn/3/library/tempfile.html#tempfile.tempdir](https://docs.pythonlang.cn/3/library/tempfile.html#tempfile.tempdir)。在某些系统（如ArchLinux）中，这个文件系统可以驻留在内存中，这意味着您的计算机可能难以处理非常大的文件。如果发生这种情况，请尝试将tempfile.tempdir的值更改为位于物理存储上的目录。

📏 精度

由于Java中的作者在子百分比级别对浮点值进行四舍五入，而此库使用完整值，因此此包计算出的值和原始Java实现可能略有差异。

📜 关于

此库根据开源MIT许可证提供。

该项目与原始OrthoANI作者无关，不受赞助或以其他方式支持。它由Martin Larralde在欧洲分子生物学实验室的Zeller团队攻读博士期间开发。