omnipath 1.0.8

安装

您可以通过运行以下命令安装 omnipath：

pip install omnipath

OmniPath数据库

OmniPath是一个包含

• 蛋白质-蛋白质、转录因子靶点和miRNA-mRNA相互作用的数据库

• 酶-PTM关系

• 蛋白质复合物

• 蛋白质功能、结构、定位、表达注释

• 蛋白质的细胞间通信作用

要了解更多关于OmniPath的信息，您可以访问其网站，或阅读我们的最新预印本或我们2016年的第一篇论文，特别是其补充材料。

Python客户端

数据可以通过托管在这个网站上的网络服务获取。此存储库托管了一个Python包，用于查询此网络服务并将数据下载到数据框或字典中。

OmniPath的Python包是pypath，不是吗？

pypath是一个用于以完全可定制的方式构建OmniPath数据库的工具。如果您想要

• 将数据库构建定制到您的需求

• 包含公共网络服务中不可用的资源

• 使用数据库对象可用的丰富Python API

• 确保原始数据是最新的

• 使用 pypath.inputs 中的方法从资源下载数据

• 使用 pypath.utils 中的各种额外工具，例如进行标识符翻译、同源性翻译、查询基因本体、处理蛋白质序列、处理BioPAX等。

有R客户端吗？

是的，有。您可以在GitHub或Bioconductor上找到R/Bioconductor包 OmnipathR。R客户端目前支持网络服务的所有功能。

Cytoscape

我们甚至有一个Cytoscape插件。使用此插件，您可以将网络加载到Cytoscape中，并访问某些（不是所有）蛋白质的注释。