neurotic 1.5.0

安装neurotic

neurotic需要Python 3.6或更高版本。

conda install -c conda-forge neurotic

pip install neurotic

conda install -c conda-forge av

更新 neurotic

更新 neurotic 的推荐方法取决于原始的安装方式。

如果您不确定使用了哪种方法，使用 conda 或 pip 更新可能有效。独立的安装程序也可能安全，尽管这可能导致同时安装多个版本。

conda update -c conda-forge neurotic

conda update -c conda-forge neurotic

pip install -U neurotic

pip install -U git+https://github.com/jpgill86/neurotic.git

pip install -U git+https://github.com/NeuralEnsemble/ephyviewer.git

入门

使用独立安装程序或 conda 安装的 Windows 用户应该能够从开始菜单启动 neurotic。

Mac 和 Linux 用户以及 Windows 用户可以使用终端、命令行或 Anaconda Prompt 启动应用程序

1. 根据您的操作系统、安装方法和环境设置，您可能只需通过调用其名称从命令行启动应用程序

   neurotic

2. 如果命令不被识别，您可能需要首先激活安装应用程序的 conda 环境

   conda activate <environment name>

   如果您使用独立安装程序，环境名称可能是“neurotic”，因此您会使用

   conda activate neurotic

   然后您可以再次尝试调用应用程序名称

   neurotic

提供了一些示例。选择一个，使用“下载数据”菜单操作下载相关数据，然后点击“启动”。有关导航的帮助，请参阅 用户界面。

在启动前禁用“快速加载”将启用包括幅度阈值尖峰检测和信号过滤在内的其他功能。

要检查与示例相关的元数据文件或对其进行修改，请点击“编辑元数据”。有关格式的详细信息，请参阅 配置元数据。

如果您喜欢使用 Jupyter 笔记本，您可以启动一个包含使用 neurotic API 教程的示例笔记本

neurotic --launch-example-notebook

命令行界面也接受其他参数

usage: neurotic [-h] [-V] [--debug | --no-debug] [--lazy | --no-lazy]
                [--thick-traces | --no-thick-traces]
                [--show-datetime | --no-show-datetime]
                [--ui-scale {tiny,small,medium,large,huge}]
                [--theme {light,dark,original,printer-friendly}]
                [--use-factory-defaults] [--launch-example-notebook]
                [file] [dataset]

neurotic lets you curate, visualize, annotate, and share your behavioral ephys
data.

positional arguments:
  file                  the path to a metadata YAML file (default: an example
                        file)
  dataset               the name of a dataset in the metadata file to select
                        initially (default: the first entry in the metadata
                        file)

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -V, --version         show program's version number and exit
  --debug               enable detailed log messages for debugging
  --no-debug            disable detailed log messages for debugging (default)
  --lazy                enable fast loading (default)
  --no-lazy             disable fast loading
  --thick-traces        enable support for traces with thick lines, which has
                        a performance cost
  --no-thick-traces     disable support for traces with thick lines (default)
  --show-datetime       display the real-world date and time, which may be
                        inaccurate depending on file type and acquisition
                        software
  --no-show-datetime    do not display the real-world date and time (default)
  --ui-scale {tiny,small,medium,large,huge}
                        the scale of user interface elements, such as text
                        (default: medium)
  --theme {light,dark,original,printer-friendly}
                        a color theme for the GUI (default: light)
  --use-factory-defaults
                        start with "factory default" settings, ignoring other
                        args and your global config file

alternative modes:
  --launch-example-notebook
                        launch Jupyter with an example notebook instead of
                        starting the standalone app (other args will be
                        ignored)

Defaults for arguments and options can be changed in a global config file,
.neurotic\neurotic-config.txt, located in your home directory.

引用 neurotic

要在您的出版物中引用 neurotic，请参阅

吉尔，J. P.，加西亚，S.，丁，L. H.，吴，M.，& 查伊尔，H. J. (2020). 神经质：神经科学互动表征工具。eNeuro，7(3)。 https://doi.org/10.1523/ENEURO.0085-20.2020

可以从Zenodo的存档中引用软件的特定版本。

文档

有关配置元数据、工作示例、API参考指南、发行说明等详细信息，请参阅文档。