napari-tomoslice

napari-tomoslice 是一个用于在 napari 中进行断层扫描可视化和标注的工具。

在 napari-tomoslice 中标注球体

napari-tomoslice 由 napari 和 napari-threedee 驱动。

功能

napari-tomoslice 允许您快速标注

• 点
• 路径
• 球体

标注以 STAR 文件格式 保存，并可以使用 starfile 在 Python 中轻松操作。

安装

napari-tomoslice 可在 PyPI 上获得。

pip install napari-tomoslice

我们建议在新的 conda 环境中安装。

napari 通过 X 转发运行效果不佳。如果您想在 HPC 环境中使用 napari-tomoslice，请通过虚拟桌面解决方案运行。

使用方法

 Usage: napari-tomoslice [OPTIONS]                                                                                                                                              
                                                                                                                                                                                
╭─ Options ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│    --tomogram-directory          PATH                    [default: None]                 │
│    --file-pattern                TEXT                    [default: *.mrc]                │
│    --annotation-directory        PATH                    [default: 2024_05_22_21:16:44]  │
│ *  --mode                        [points|paths|spheres]  [required]                      │
│    --help                                                Show this message and exit.     │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯

灵感

napari-tomoslice 受 dtmslice in Dynamo 启发。