napari-time-slicer

按时间点处理时间序列数据的元插件。它允许一系列napari插件在用户浏览时间序列时逐步处理2D+t或3D+t数据。目前，这些插件正在使用napari-time-slicer

• napari-segment-blobs-and-things-with-membranes
• napari-cupy-image-processing
• napari-pyclesperanto-assistant
• napari-accelerated-pixel-and-object-classification
• napari-simpleitk-image-processing
• napari-stress
• napari-process-points-and-surfaces

napari-time-slicer使插件之间能够通信，例如，允许将上述插件组合到一个图像处理工作流程中，以分割时间序列数据集

然后还可以将工作流程导出为脚本。'生成代码'按钮可以在工作流程检查器中找到

如果您想将3D数据集转换为2D+时间数据集，请使用菜单工具 > 工具 > 将3D堆栈转换为2D时间序列（时间切片器）。它将3D数据集转换为4D数据集，其中Z维度（索引1）只有一个元素，在napari中将使用时间滑块显示。注意：建议在转换后删除原始3D数据集。

处理大型即时处理数据集

您可以在时间序列数据集上设置napari-assistant复杂图像处理工作流程。结合时间切片器，可以处理大于可用计算机内存的时间序列数据。如果工作流程仅由图像和标签图像组成，并且出现内存不足问题，请考虑按照以下程序将中间结果存储在磁盘上：在工作流程设置并测试几个选定帧后，使用菜单工具 > 工具 > 将数据转换为基于文件的时序数据（时间切片器）将整个处理后的时间序列数据集存储到磁盘上。它将打开此对话框，您可以在其中选择

建议在文本字段中输入文件夹位置。如果没有提供，将创建一个临时文件夹，通常在用户主目录中的用户临时文件夹中。用户负责定期清空此文件夹。此文件夹中存储的数据也可以通过其文件 > 打开文件夹...菜单加载到napari中。

执行此操作可能需要时间，因为每次时间点都会计算。之后，在napari中将出现另一个层，通常导航速度更快。考虑删除仅用于确定新基于文件的层的层。

插件开发人员使用方法

实现napari_experimental_provide_function钩子的插件可以利用@time_slicer。目前，仅支持接受napari.types.ImageData、napari.types.LabelsData和基本Python类型（如int和float）的函数。如果您使用@time_slicer注解此类函数，它将内部将任何4D数据集转换为3D数据集，该数据集根据napari中当前选择的时间点。此外，当napari用户更改当前时间点或函数的输入数据更改时，将调用重新计算。因此，建议仅对可提供[几乎]实时性能的函数使用time_slicer。另一个约束是，这些注解函数必须具有viewer参数。这是必要的，以便在调用重新计算时从查看器中读取当前时间点。

示例

import napari
from napari_time_slicer import time_slicer

@time_slicer
def threshold_otsu(image:napari.types.ImageData, viewer: napari.Viewer = None) -> napari.types.LabelsData:
    # ...

您可以在上面列出的napari插件中看到此概念的完整实现。

如果您想结合时间和逐层处理Z堆栈图像的切片，可以使用@slice_by_slice注解。确保将其插入到@time_slicer之后，如以下所示并实现于napari-pillow-image-processing

from napari_time_slicer import slice_by_slice

@time_slicer
@slice_by_slice
def blur_2d(image:napari.types.ImageData, sigma:float = 1, viewer: napari.Viewer = None) -> napari.types.LabelsData:
    # ...

此napari插件是用Cookiecutter和@napari的cookiecutter-napari-plugin模板生成的。

安装

您可以通过pip安装napari-time-slicer。

pip install napari-time-slicer

要安装最新开发版本

pip install git+https://github.com/haesleinhuepf/napari-time-slicer.git

贡献

欢迎贡献。可以使用 tox 运行测试，请在提交 pull request 前确保覆盖率至少保持不变。

许可

在 BSD-3 许可证下分发，"napari-time-slicer" 是免费和开源软件。

问题

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