napari-tiledb-bioimg

此插件支持在Napari中读取和写入TileDB-BioImaging多分辨率数组。

演示

https://github.com/TileDB-Inc/napari-tiledb-bioimg/assets/327706/b408d634-6ad0-4160-8571-18cf8e37b4cc

安装

[待PyPI发布！] 您可以通过[pip]安装napari-tiledb-bioimg。

pip install napari-tiledb-bioimg

快速入门

使用tiledb-bioimg 导入数据后，

• 本地图像可以使用Napari的“文件 -> 打开文件夹”加载，并选择TileDB数组文件夹。如果提示，请选择napari-tiledb-bioimg插件。

• 远程数组（S3、TileDB Cloud）可以使用napari CLI命令或Python提示符中的Napari查看器加载命令进行加载。

napari --plugin napari-tiledb-bioimg s3://<bucket>/<path/to/tiledb_array>

• ...

# Within a Napari-enabled Python/IPython prompt, run:
import napari
viewer = napari.Viewer()

viewer.open("tiledb://<namespace>/<array name or UUID>", plugin="napari-tiledb-bioimg")

贡献

欢迎贡献。可以使用tox或pytest运行测试。

从git安装

pip install git+https://github.com/TileDB-Inc/napari-tiledb-bioimg.git

许可

在[MIT]许可证下分发，"napari-tiledb-bioimg"是免费和开源软件。

问题

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