使用napari进行空间组学数据的交互式可视化
项目描述
napari-spatialdata：空间组学数据的交互式探索和注释
此存储库包含一个napari插件，用于交互式探索和注释SpatialData对象。 napari-spatialdata是SpatialData生态系统的一部分。要了解更多关于SpatialData的信息，请参阅文档。
安装
您可以通过pip安装napari-spatialdata
pip install napari-spatialdata[all]
使用all命令将安装Qt绑定PyQt5。
您可以在安装说明中找到更多详细信息。
将napari-spatialdata用作默认的zarr读取器
如果您想将插件作为默认的zarr读取器使用，请在napari中转到文件 -> 首选项 -> 插件，并按照文件扩展名读取器下的说明操作。
开发版本
您可以使用以下命令从Github安装napari-spatialdata
pip install git+https://github.com/scverse/napari-spatialdata
或者，您也可以在克隆存储库后通过以下方式以可编辑模式安装
git clone https://github.com/scverse/napari-spatialdata
cd napari-spatialdata
pip install -e .
注意：执行 napari-spatialdata 的可编辑安装时，spatialdata 将从 pip 重新安装。因此，如果您之前也安装了 spatialdata 的可编辑版本，您需要在 spatialdata 仓库上重新运行 pip install -e .。有关此问题的更多详细信息，请参阅安装说明。
入门
要了解如何使用 napari-spatialdata 插件，请参阅文档。要了解如何将 napari-spatialdata 集成到您的分析工作流程中，请参阅SpatialData 教程。特别是
贡献
欢迎贡献。可以使用 tox 运行测试，请在提交拉取请求之前确保覆盖率至少保持不变。
许可证
在BSD-3 许可证的条款下分发，"napari-spatialdata" 是免费和开源软件
问题
如果您遇到任何问题，请提交一个问题，并附上详细描述。
引用
Marconato, L.，Palla, G.，Yamauchi, K.A. 等人。SpatialData：一个开放和通用的空间 omics 数据框架。Nat Methods (2024)。https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x
