napari-signal-selector

napari的交互式信号选择器和注释器，基于napari-matplotlib。

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用法

此插件在napari中打开一个嵌入式绘图器，能够绘制和交互（选择/注释）单个对象信号（通常是时间特征）。

输入数据

napari-signal-selector与包含分割对象且其features属性包含以下示例结构的表的标签层一起工作

基本上，它需要一个对象标识符（在这种情况下，label列），它匹配标签层中的标签，以及包含要绘制的x轴和y轴数字的其他列。通常，x轴是某种时间相关的属性。

以下是可以通过代码将此类层添加到napari查看器的示例（有关更多详细信息，请参阅此示例笔记本）

viewer.add_labels(labels_image, features = table)

如果选择了此类层，您可以通过绘图器底部的下拉字段选择要绘制的内容。

以下是使用“闪动的多边形”合成数据的基本示例

工具

选择工具

选择工具（箭头图标）是一个切换按钮，允许您选择单个信号。一旦激活，图标将被突出显示，您可以点击单个信号来选择它们。右键单击取消选择所有内容。

如果您想点击的区域过于拥挤，请先放大，然后选择。

如果您知道要选择哪个标签，您可以从标签层选项中启用“显示所选”，以单独显示一次一个标签。标签层选择工具可能有助于您找到正确的标签。

注释工具

选择一个或多个信号后，您可以使用注释工具（带有“+”图标的画笔）对其进行注释。您需要先选择一个信号类别。记住，在注释不同信号类别时，要右键单击以删除之前的选中项！

注释将保存在名为“注释”的新列中。目前无法进行多个注释，即同一信号部分的多个类别分配。

跨度选择工具

您可以使用跨度选择工具（水平箭头图标）来子选择一个或多个信号的某些部分。右键单击以取消选择区域。在拖动鼠标时按住“SHIFT”键以选择多个子区域。

您可以将此与注释工具结合使用，以便具有不同注释的同一信号的子区域。

删除工具

如果您犯了错误，可以通过选择信号并单击工具栏右侧的垃圾桶图标（或简单地用类别0注释它们）来删除之前的注释。

此外，在选择工具启用的情况下，通过按住“SHIFT”并左键单击，您可以选择所有信号。这可能用于删除所有之前的注释。

导出注释

包含注释的表格可以通过从napari-skimage-regionprops插件中的“显示表格”小部件在napari中显示，该插件可在“工具 > 测量 > 显示表格（nsr）”下找到。

顺便说一下，如果选中“显示所选”，您可以在表格中单击标签行，然后在图像和在绘图器中查看相应的标签！

要导出表格，请单击“另存为csv...”。

安装

您可以通过终端使用pip安装napari-signal-selector。按照以下步骤操作。

我们建议尽可能使用mamba-forge。点击此处为您的操作系统选择正确的下载选项。如果您不使用mamba-forge，在以下内容中遇到mamba一词时，请将其替换为conda。

创建conda环境

mamba create -n napari-ss-env napari pyqt python=3.9

激活环境

mamba activate napari-ss-env

通过pip安装napari-signal-selector

pip install napari-signal-selector

或者，使用以下命令安装最新开发版本：

pip install git+https://github.com/zoccoler/napari-signal-selector.git

贡献

欢迎贡献。测试可以使用tox运行，请在提交拉取请求之前确保覆盖率至少保持不变。

许可

根据BSD-3许可协议分发，“napari-signal-selector”是免费和开源软件

问题

如果您遇到任何问题，请提交问题，并附上详细描述。