napari-sentinel-to-zarr

napari的Writer插件，用于将Sentinel tiff保存为ome-zarr格式

此napari插件是用Cookiecutter和@napari的cookiecutter-napari-plugin模板生成的。

安装

您可以通过pip安装napari-sentinel-to-zarr

`pip install napari-sentinel-to-zarr`

用法

此软件包提供了以下命令行工具

• 处理原始Sentinel zip的瓦片到多尺度zarr
• 处理“GapFilled”tif的插值，将其转换为zarr，并沿时间轴重新分块
• 将步骤2中的zarr转换为多尺度OME-zarr

原始压缩图像到Zarr

使用以下命令安装最新版本的napari

pip install -U napari

使用以下命令安装napari-sentinel-to-zarr

pip install napari-sentinel-to-zarr

运行sentinel-to-zarr zip-to-zarr path/to/tile/55HBU out/path/dir/55HBU.zarr

其中path/to/tile/55HBU是包含Sentinel zip的目录

插值图像到Zarr

运行sentinel-to-zarr interpolated-to-zarr path/to/interpolated/55HBU_GapFilled_Image.tif out/dir/Image.zarr

您可以传递可选参数

• --step-size - 一次转换的切片数。默认值为20，需要约5GB RAM。更大的步长意味着可以一次性加载更多切片，从而提高性能。完整图像通常约为175GB。
• --chunk-size - 结果 zarr 的块大小。默认值为 1024，通常被认为是良好的选项，并且提供良好的性能

插值 Zarr 到多尺度 Zarr

运行 sentinel-to-zarr zarr-to-multiscale-zarr 路径/到/插值/zarr 输出路径/插值多尺度.zarr tilename

其中 路径/到/插值/zarr 是第二步的输出文件

您可以传递可选参数

• --min-shape- 你希望生成的最小金字塔级别。默认为 1024px

Napari 插件

此软件包还附带一个 napari 写入器插件，允许您通过将一个原始瓦片拖入 napari 查看器来直接打开它，并在浏览时使用 文件>保存图层 进行保存

贡献

非常欢迎贡献。可以使用 tox 运行测试，请在提交拉取请求之前确保覆盖率至少保持不变。

许可

根据 MIT 许可证分发，“napari-sentinel-to-zarr”是免费且开源的软件

问题

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