napari-ndtiffs

napari插件，用于具有可选CUDA或OpenCL-based deskew的nd tiff文件夹。

内置支持（倾斜）晶格光片tiff文件夹。

此napari插件使用Cookiecutter以及@napari的cookiecutter-napari-plugin模板生成。

功能

• 将tiff文件夹拖放到napari窗口中轻松查看
  • （目前设计为检测晶格光片tiff，但易于调整）
• 如果找到晶格Settings.txt文件，将自动进行deskew（仅在必要时）
• 按需懒加载数据集。快速预览您的数据。
• 同时处理.zip存档！只需直接压缩您的tiff文件夹，然后将其拖放到napari中。
• 所有基于OpenCL的deskewing，可在GPU和CPU上运行，如果PyOpenCL不可用，则回退到scipy。
• 基于CuPy的deskewing适用于支持CUDA的NVIDIA GPU卡。CuPy 8.x版本应该可以工作，尽管推荐使用CuPy >= 9。如果CuPy不可用，则使用PyOpenCL实现。

支持任意文件命名模式不会太困难！如果您有一组具有一致命名方案的tiff文件夹，并且希望利用此插件，请随时提交一个问题！

安装

您可以通过pip安装napari-ndtiffs

pip install napari-ndtiffs

同时安装PyOpenCL（以加快去偏斜）

pip install napari-ndtiffs[opencl]

在支持CUDA的NVIDIA GPU上，CuPy（见CuPy文档）实现可能比PyOpenCL更快。CuPy还通过HIP/ROCm对AMD GPU进行实验性支持。请参阅CuPy的安装说明

用法

在大多数情况下，只需将您的文件夹拖放到napari中，或使用viewer.open("path")

覆盖参数

您可以通过以下方式控制像体素大小和去偏斜角度这样的参数

from napari_ndtiffs import parameter_override
import napari

viewer = napari.Viewer()
with parameter_override(angle=45, name="my image"):
    viewer.open("path/to/folder", plugin="ndtiffs")

parameter_override的有效键包括

• dx：(float) 像素大小，单位为微米
• dz：(float) z步长大小，单位为微米
• deskew：(bool) 是否进行去偏斜（默认情况下，如果角度 > 0，或者检测到需要去偏斜的晶格元数据文件，则会进行去偏斜）
• angle：(float) 光片相对于载玻片的角度
• padval：(float) 在去偏斜时用于填充图像边缘的值（默认为0）
• contrast_limits：(2-tuple of int) 用于查看图像时的对比度限制（min, max）
• name：(str) 图像的可选名称

示例数据

使用测试数据试试：下载示例数据

如果您喜欢，可以解压，或者直接将zip文件拖放到napari窗口中。

或者，从命令行使用

napari path/to/lls_mitosis.zip

调试

要监视文件I/O和去偏斜活动，请在napari控制台中输入以下内容

import logging
logging.getLogger('napari_ndtiffs').setLevel('DEBUG')

贡献

欢迎贡献。可以使用tox运行测试，请在提交pull request之前确保覆盖率至少保持不变。

许可证

根据BSD-3许可证分发，“napari-ndtiffs”是免费和开源软件

问题

如果您遇到任何问题，请提交一个问题，并附带详细的描述。