napari-mat-images

特性

此插件可以将存储在MATLAB .mat文件中的图像变量加载到napari中。

它加载任何看起来像图像的变量。目前，这包括任何大小大于20像素（由shape_is_image()确定）且具有超过两个维度的数组。

如果加载具有3个或更多维度的变量，插件假定它是一个图像堆栈，最大尺寸的维度是堆栈的轴。

加载大文件

如果加载保存为HDF5/v7.3格式的较大.mat文件，则按需加载图像的块，从而实现快速初始加载，但可能滚动较慢。

随机采样图像堆栈的切片以确定最小/最大对比度值。

要求

此插件依赖于scipy加载小的.mat文件，以及h5py（与dask一起）加载较大的HDF5/v7.3 .mat文件。

它隐式要求napari才能使用。

安装

napari-mat-images需要安装napari，尽管它没有列为安装要求。此插件依赖于在napari版本> 0.2.12中找到的插件功能。这可以通过从PyPI使用pip进行安装。

$ pip install napari>0.2.12

您可以通过pip从PyPI安装napari-mat-images。

$ pip install napari-mat-images

使用方法

安装后，每次尝试加载.mat文件时都会使用此插件。这可以通过napari的GUI或命令行完成。

$ napari my_file.mat

贡献

欢迎贡献。可以使用pytest运行测试，请确保在提交pull request之前，覆盖率至少保持不变。

许可证

在BSD-3许可下分发，napari-mat-images是免费和开源软件。

问题

如果您遇到任何问题，请与问题以及详细的描述一起提交。

此napari插件是用Cookiecutter以及napari的cookiecutter-napari-plugin模板生成的。