napari-cursor-tracker

插件，通过跟踪光标，简化了3D或2D + t数据集的手动标注/跟踪。

安装

您可以通过pip安装napari-cursor-tracker。

pip install napari-cursor-tracker

开始使用napari-cursor-tracker

欢迎使用napari-cursor-tracker，这是一个通过跟踪光标位置简化图像堆栈中点标注的工具。本文档将指导您有效地设置和使用此插件。

设置点层

在开始跟踪之前，您需要创建一个点层，该层将存储堆栈中每个图像的游标位置。以下是设置方法：

1. 选择参考图像：首先从您的图像堆栈中选择一个“参考图像”。参考图像中的帧或切片数量决定了新层将有多少个点（每个帧/切片一个）。

2. 指定点名称：为跟踪的点分配一个名称。此名称也将作为新层的名称。此步骤在跟踪多个点时尤其有用。

3. 创建层：单击“添加新层”以创建点层。最初，所有点都将位于原点（0, 0, 0），但它们的位置将在您开始跟踪时更新。

跟踪您的光标

现在您已经设置了点层，您可以开始跟踪您的光标位置。请按照以下步骤操作：

1. 选择活动层：选择“活动层”，以便将跟踪结果保存到其中。

2. 启动跟踪： 通过按下键盘上的 't' 键开始跟踪光标的位置。要停止跟踪，请再次按下 't' 键。如果启用了“跟踪开始时自动播放”选项，则在按下 't' 键时将自动开始播放。或者，您可以手动滚动图像，并且每当切片/帧索引改变时，光标的位置都将被保存。

3. 自定义播放： 为了方便或加快跟踪，您可以按需调整播放参数。

跟踪多个点

如果您需要跟踪多个兴趣点，可以按照以下步骤操作

1. 创建单独图层： 为要跟踪的每个点创建一个单独的点图层。

2. 选择活动图层： 使用“活动图层”下拉菜单选择您要操作的特定点图层。

3. 开始跟踪： 按照前面提到的跟踪过程开始跟踪所选点。

保存您的结果

跟踪会话的结果可以保存为CSV文件。未跟踪的点将在保存的文件中以原点（0，0，0）标记。

遵循这些指南，您应该能够有效地使用napari-cursor-tracker在图像堆栈中标注点。祝您跟踪愉快！

贡献

欢迎贡献。可以使用 tox 运行测试，请在提交拉取请求之前确保覆盖率至少保持不变。

许可证

在BSD-3许可下分发，“napari-cursor-tracker”是免费和开源软件。

问题

如果您遇到任何问题，请[提交问题]并附带详细描述。