napari-cryoet-data-portal

在 napari 中列出和打开来自CZ Imaging Institute的 CryoET数据门户 的断层扫描。

安装

您可以使用 pip 安装最新稳定版本

pip install napari-cryoet-data-portal

您还需要单独安装napari作为同一环境中的Python包。包含Qt的一种方法是运行

pip install "napari[all]"

但更普遍的做法是遵循 最新的napari安装说明。

用法

请参阅以下视频，了解插件的基本用法演示。

https://github.com/chanzuckerberg/napari-cryoet-data-portal/assets/2608297/51207e08-68af-446a-87bb-3de9c6756d35

点击 连接 按钮以建立与数据门户的连接。

您可以选择查询数据集、运行、体素间距或断层扫描的子集，使用它们的相应ID。这可以在门户增长时加快列表过程。要这样做，请从此面板关联的下拉框中选择ID类型，然后在旁边的文本框中输入感兴趣的ID，用逗号分隔。例如，如果您只想列出数据集10000和10001，请从下拉框中选择数据集ID，然后在文本框中输入文本10000,10001。默认情况下，列出所有数据集。

连接到门户后，找到的数据集将如下添加。

可以通过指定正则表达式模式来过滤数据集和断层扫描。

选择数据集将显示其元数据，可以对其进行类似探索和过滤。

选择断层扫描将显示其元数据，并在napari查看器中打开最低分辨率的断层扫描及其所有相关点注释。

通过选择不同的分辨率并单击打开按钮，可以加载更高分辨率的断层扫描。

在这种情况下，napari仅加载画布上需要显示的数据。虽然这可以减少加载的数据量，但在初次打开和探索数据时可能会引起性能问题。默认情况下，打开新的断层扫描会清除napari中所有现有图层。如果您想要保留这些图层，请取消选中此面板中的相关复选框。

一般来说，从门户查找和获取数据可能需要很长时间。所有从门户获取数据的插件操作都尝试并行运行，以尽可能使与napari和插件的交互保持响应。这些操作也可以通过单击取消按钮来取消。

贡献

这仍在早期开发中，但欢迎贡献和想法！请不要犹豫，打开一个问题或打开一个拉取请求以帮助改进此插件。

要设置开发环境，请Fork此存储库，克隆您的分支，切换到其顶层目录并运行

pip install -e ".[testing]"

本项目遵循贡献者公约行为准则。通过参与，您应遵守此准则。请向opensource@chanzuckerberg.com报告不可接受的行为。

安全

如果您认为您发现了一个安全问题，请参阅我们的安全策略，了解如何报告。

许可证

根据MIT许可证分发，"napari-cryoet-data-portal"是免费和开源软件。有关更多详细信息，请参阅许可证文件。

致谢

此插件是用Cookiecutter和@napari的cookiecutter-napari-plugin模板生成的。