napari-compressed-labels-io

描述

此napari插件提供标签及其对应图像层的读取器和写入器，以zarr格式进行压缩和便携性。每个读取器/写入器对都支持保存和加载图像和标签层的一次往返。

写入器

此插件提供了两个写入器，每个都有自己的读取器。

labels_to_zarr

此写入器是napari默认标签写入器的替代品，无论其尺寸如何，都将整个标签层写入单个zarr文件。此写入器提供最佳压缩选项，其关联的读取器get_zarr_labels将层读回到napari中。

当用户尝试将选定的标签层保存到以.zarr结尾的路径时，将调用此写入器

label_image_pairs_to_zarr

此写入器将保存从查看器中的三维标签和图像层到单独的zarr，以实现便携性和方便性。例如，给定一个形状为(10, 200, 200)的标签和图像层，保存到my_stacks.zarr中，将创建10个子目录，每个目录中包含两个形状为(200, 200)的zarr，分别对应标签和图像层。

该作者允许用户加载关联的图像堆栈，对其进行标记，然后快速将这些堆栈保存为单个切片，以便轻松加载、查看和交互。其关联的阅读器支持将整个堆栈、堆栈的单个切片的所有层以及给定切片的单个层加载到napari中。

除了形式为(z, y, x, 3)的RGB图像外，该写入器目前仅支持3D层。

阅读器

此插件提供了两个阅读器来加载每个写入器保存的格式。下面将详细介绍。

get_zarr_labels

此阅读器将打开在path的顶级具有.zarray的任何zarr文件，作为标签层。这将与labels_to_zarr一起使用。

get_label_image_stack

此阅读器将打开包含.zmeta文件的任何zarr文件，将其作为层加载到napari中。根据打开的内容，阅读器将加载完整标签和图像堆栈、图像和标签堆栈的单个切片或切片中的单个层。这将与label_image_pairs_to_zarr一起使用。

.zmeta

此元数据文件包含有关堆栈和每个单个切片中层类型的信息，以及图像/标签切片的数量。这使得阅读器插件可以在堆栈级别和单个切片级别以适当的名称加载正确的层类型。

一个示例.zmeta规范

{
    "meta": {
        "stack": 7                               # number of slices in the entire stack (1 for an individual slice, 0 for a layer within a slice)
    },
    "data": {
        "image" : [                              # all image layers must be listed here
            {
                "name": "leaves_example_data",
                "shape": [790, 790, 3],
                "dtype": "uint8",
                "rgb": true                      # where rgb is false the image will be loaded as greyscale (colormap support has not yet been implemented)
            }
        ],
        "labels" : [
            {
                "name": "oak",
                "shape": [790, 790],
                "dtype": "int64"
            },
            {
                "name": "bg",
                "shape": [790, 790],
                "dtype": "int64"
            }
        ]
    }
}

此napari插件是用Cookiecutter和@napari的cookiecutter-napari-plugin模板生成的。

安装

您可以通过pip安装napari-compressed-labels-io。

pip install napari-compressed-labels-io

贡献

非常欢迎贡献。您可以使用tox运行测试，请在提交拉取请求之前确保覆盖率至少保持不变。

许可

根据MIT许可证分发，“napari-compressed-labels-io”是免费和开源软件。

问题

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