napari-broadcastable-points

可以在任意维度上广播的点层。在此作为在napari核心中实现更完整功能之前的解决方案（https://github.com/napari/napari/issues/2343）。

警告！ 由于在napari问题中讨论的所有原因，这可能会非常脆弱，因此虽然它很有用，但也应谨慎使用。因此，在创建后不要过多地修改查看器的维度，因为不知道会发生什么。

安装

pip install napari-broadcastable-points

用法

这里有一个例子，我们有一个(TPCZYX)图像序列，我们在C轴和Z轴上广播点。

import napari
from napari_broadcastable_points import BroadcastablePoints
import numpy as np

v = napari.Viewer()

# create a fake timelapse
T = 5
P = 4
C = 3
Z = 2
Y, X = 512, 512
images = np.zeros([T, P, C, Z, Y, X])
v.add_image(images)

# Add the relevant components of points data
# fmt: off
dat = np.array([
       # T,  P,       Y,              X
       [ 0,  0., 340.25071184, 284.13186557],
       [ 0,  0., 312.66551847, 309.95630191],
       [ 0,  0., 240.76794003, 266.81775485],
       [ 0,  0., 240.47448053, 239.81948049],
       [ 0,  1., 261.60356481, 260.36164576],
       [ 0,  1., 309.43746393, 215.16888217],
       [ 0,  1., 371.06395974, 235.12412843]])
# fmt: on

v.dims.axis_labels = ('T', 'P', 'C', 'Z', 'Y', 'X')

points = BroadcastablePoints(dat, broadcast_dims = (2, 3))
v.add_layer(points)
napari.run()

创建一个空层

您还可以创建一个空层，但请务必指定ndim，否则您可能会遇到错误。

points = BroadcastablePoints(None, broadcast_dims = (2, 3), ndim=6)