napari-blob-detection

检测图像中的图像块

此 napari 插件是用 Cookiecutter 以及 @napari 的 cookiecutter-napari-plugin 模板生成的。

此插件包含两个小部件

1. 检测图像上的图像块
2. 将点层转换为标签层

检测图像上的图像块

此小部件使用 scikit-image的图像块检测算法 来检测暗背景上的亮图像块。

参数

• method: 高斯拉普拉斯（最准确）或高斯差（更快近似）
• image: 图像块检测的图像层。可以是2D、3D或更高维度的图像。
• dimensionality: 用户可以指定图像是2D（+t）或3D（+t）。
• min sigma: 可检测的最小图像块大小
• max sigma: 可检测的最大图像块大小
• threshold: 阈值越低，检测到的低强度图像块越多。

输出

图像块用点层表示。每个图像块的大小与 Points.feature['sigma'] 成正比，这表示特征点被发现的比例尺。

将点层转换为标签层

此小部件接受一个点图层并将其转换为标签图层，图像尺寸与所选图像图层匹配。通过将点转换为标签，用户可以利用对检测到的点可用的标签特征提取功能。

安装

您可以通过pip安装napari-blob-detection

pip install napari-blob-detection

要安装最新开发版本

pip install git+https://github.com/andy-sweet/napari-blob-detection.git

贡献

我们非常欢迎贡献。可以使用tox运行测试，请在提交拉取请求之前确保覆盖率至少保持不变。

许可

根据BSD-3许可证发布，“napari-blob-detection”是免费和开源软件

问题

如果您遇到任何问题，请附带详细说明提交问题。