napari-bioformats

Bioformats插件，用于napari，基于pims-bioformats

使用此插件作为备用！

从Fiji/ImageJ世界来到napari的人可能会了解到Bio-Formats库。这是一个英勇的努力，历时多年，读取超过100种文件格式。自然地，我们希望其中的一些好处也用于napari ... 因此有了这个插件。

然而： 需要注意的是，此插件仍然需要安装Java运行时环境。这很容易做到（如果您处于conda环境中，插件会提示您安装它），但它确实使得环境设置更加复杂，它并不是非常“Pythonic”，并且性能可能不会像原生“纯Python”模块那样迅速。

因此，在您反射性地安装此插件以填补您Python心中Bioformats大小的空缺之前，请考虑尝试其他一些专为读取您感兴趣格式的纯Python插件。

• Zeiss (.czi): napari-aicsimageio, napari-czifile2
• Nikon (.nd2): napari-nikon-nd2, nd2-dask
• 徕卡 (.lif): napari-aicsimageio
• 奥林巴斯 (.oif): 没有插件？（但请参阅 oiffile ）
• DeltaVision (.dv, .mrc): napari-dv

如果您有一个适用于生物格式支持的文件格式的纯Python读取器，并希望将其添加到该列表中，请提交一个问题

安装

安装napari-bioformats最简单的方法是通过conda，从conda-forge频道

conda install -c conda-forge napari-bioformats

也可以通过pip安装，但您需要安装一个有效的JVM，并且可能需要设置JAVA_HOME环境变量

pip install napari-bioformats

首次使用

第一次尝试使用napari-bioformats打开文件时，您可能会注意到一个长延迟，因为pims正在下载loci_tools.jar（速度取决于您的网络连接）。随后的文件应打开得更快。

许可证

根据GPLv3许可证分发，"napari-bioformats"是免费和开源软件

问题

如果您遇到任何问题，请与一个详细的描述一起提交问题。

此napari插件是用Cookiecutter和@napari的cookiecutter-napari-plugin模板生成的。