napari-bee-annotator

由EPFL成像中心在2023年12月为移动机器人系统组开发。此Napari插件为研究人员提供了一种简单的方法来标注离开/进入蜂巢的蜜蜂。这些标注将作为验证各种自动化动物跟踪方法的基准。

安装

您可以通过pip安装napari-bee-annotator。

pip install napari-bee-annotator

安装最新开发版本

pip install git+https://github.com/EPFL-Center-for-Imaging/napari-bee-annotator.git

入门指南

1. 使用以下命令在napari中打开插件和您的视频：napari -w napari-bee-annotator --plugin video path/to/video.mp4。注意，您需要安装napari_video以读取mp4文件。

2. 选择您视频的方向：水平/垂直指的是蜜蜂离开/进入蜂巢的方向。

3. 开始标注：简单左击表示蜜蜂向上或向左移动，具体取决于选择的朝向。你可以按住Shift键来标注向下或向右移动的蜜蜂。可以通过在想要删除的标注上右击来删除标注。要转到下一帧，你可以按住ctrl键并用鼠标滚轮滚动，或者点击播放按钮。可以通过右击播放按钮更改回放参数，如播放速度。

4. 保存和加载轨迹：要从图层列表中选择轨迹图层并点击文件 > 保存选定的图层。选择一个名称并选择csv扩展名。如果你想要继续对特定视频的标注进行工作，首先必须通过点击打开与插件 > 打开文件(s)...来加载相应的csv文件。选择你想要加载的文件并点击“打开”。应该会弹出一个对话框，询问你选择用于加载csv文件的读取器。选择蜜蜂标注器。最后，你必须通过在轨迹图层下拉菜单中选择它来告诉插件与刚刚加载的图层进行交互。

贡献

欢迎贡献。可以通过tox运行测试，请在提交pull request之前确保覆盖率至少保持不变。

许可证

根据BSD-3许可协议分发，“napari-bee-annotator”是免费和开源软件。

问题

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