napari中的图像处理类似口袋计算器的界面

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项目描述

napari-assistant

napari-assistant是一个用于构建图像处理工作流程的napari元插件。

用法

安装一个或多个使用napari-assistant作为用户界面的napari插件后，您可以从菜单“工具 > 工具 > 助手 (na)”启动它，或从命令行运行naparia。

通过点击助手中的按钮，您可以设置图像处理的流程。

在设置您的流程时，您可以在任何时候从图层列表（1）中选择一个图层，并更改相应操作的参数（2）。更改参数时，图层将更新，以及所有后续的操作。您还可以更改应用于图像的操作（3）。同时确保选择了正确的输入图像图层（4）。

保存和加载工作流程

您还可以将工作流程保存到磁盘并加载。

加载工作流程后，请确保选择了正确的输入图像。

代码生成

napari-assistant允许将给定的工作流程导出为Python脚本和Jupyter笔记本。

此外，如果您已安装napari-script-editor，您还可以通过相同菜单将当前工作流程作为代码发送到脚本编辑器。

插件生成

还有一个可用的 Napari 插件生成器。查看其文档，了解如何在助理中直接生成与 napari-assistant 兼容的插件。

安装

建议您通过使用 napari-assistant 作为图形用户界面的插件之一来安装 napari-assistant。您可以在napari-hub上找到使用助理的插件完整列表。其中许多插件在安装devbio-napari时捆绑提供。

针对开发者

如果您希望使您的 napari-plugin 可从 napari-assistant 访问，请考虑编写具有简单界面、消耗图像、标签、整数、浮点数和字符串的功能。例如，注释输入和返回类型。

def example_function_widget(image: "napari.types.ImageData") -> "napari.types.LabelsData":
    from skimage.filters import threshold_otsu
    binary_image = image > threshold_otsu(image)

    from skimage.measure import label
    return label(binary_image)

此外，请将您的函数添加到使用 npe2 的 napari.yaml 中。

name: napari-npe2-test
display_name: napari-npe2-test
contributions:
  commands: 
    - id: napari-npe2-test.make_magic_widget
      python_name: napari_npe2_test._widget:example_magic_widget
      title: Make example magic widget
  widgets:
    - command: napari-npe2-test.make_magic_widget
      display_name: Segmentation / labeling > Otsu Labeling (nnpe2t)

要将函数放在 napari-assistant 中的正确按钮内，请使用以下前缀之一为 display_name

过滤/噪声去除 >
过滤/背景去除 >
过滤 >
图像数学 >
变换 >
投影 >
分割/二值化 >
分割/标签 >
分割后处理 >
测量 >
标签邻域过滤器 >
标签过滤器 >
可视化 >

您可以在这里找到一个完全功能性的示例。

最后但同样重要的是，为了让您的 napari-plugin 在搜索 "napari-assistant" 时在 napari-hub 中列出，请确保在您的 readme 中提及它。

欢迎反馈！

napari-assistant 是在公开环境中开发的，因为我们相信开源社区。请随时以 github issue 或通过 image.sc 提交反馈。

贡献

欢迎贡献。请在提交拉取请求之前确保测试覆盖率至少保持不变。

许可证

在BSD-3 许可证下分发，"napari-assistant" 是免费和开源软件。

致谢

该项目得到了德国卓越战略下德累斯顿工业大学“生命物理学”卓越集群的德国研究共同体的支持。该项目部分由 Chan Zuckerberg Initiative DAF，硅谷社区基金会的咨询基金，通过项目编号2021-240341 (Napari 插件加速器补助金)获得。

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源分布

napari_assistant-0.4.8.tar.gz (288.0 kB 查看哈希值)

上传时间：2024年9月29日 源代码

构建版本

napari_assistant-0.4.8-py3-none-any.whl (319.1 kB 查看哈希值)

上传时间：2024年9月29日 Python 3