napari-allencell-annotator

一个允许图像注释/评分并将注释写入.csv文件的插件。由Allen Institute for Cell Science提供。

napari的Allen Cell Image Annotator插件提供了一个直观的图形用户界面，用于创建注释模板，使用这些模板注释大量图像集，并将图像注释保存到csv文件。Allen Cell Image Annotator是一个基于Python的开源工具包，由艾伦细胞科学研究所开发，用于盲注、无偏见和睁眼显微镜图像注释。此工具包支持从文件查找器中选择图像集和创建注释模板（文本、复选框、下拉菜单、微调框和点）。借助napari的多维图像查看功能，插件无缝地允许用户查看每个图像并将注释写入自定义模板。注释模板可以写入json文件以进行共享或重用。注释后，注释模板、图像文件列表和注释值将方便地保存到csv文件，可重新打开进行进一步注释。

• 支持以下图像类型
  • OME-TIFF
  • TIFF
  • CZI
  • PNG
  • JPEG
  • OME-ZARR

此napari插件使用Cookiecutter和@napari的cookiecutter-napari-plugin模板生成。

使用命令行安装

1. 前提条件

插件需要Conda。

• 在Windows上安装
  • 遵循上述链接中的步骤，除了
  • 在步骤8中，勾选顶部复选框以添加到PATH
  • 
• 在Mac上安装

2. 安装插件

点击对应您操作系统的链接。

Windows

• 从上述链接中，点击顶部菜单栏上的三个点，然后选择下载。
• 打开文件资源管理器并转到下载文件夹。使用以下选项之一。应打开提示窗口并开始安装。如果失败，请使用以下选项。
  • 选项1：双击文件install_napari.sh
  • 选项2：在文件查找器中搜索Anaconda Prompt。打开版本3。逐行运行以下命令。
    • conda create -n napari_annotator python=3.10 anaconda
    • conda activate napari_annotator
    • python -m pip install --upgrade pip
    • python -m pip install "napari[all]"
    • python -m pip install napari-allencell-annotator
    • napari
  • 仍然不起作用？尝试使用conda forge而不是pip。
    • 例如：使用conda install -c conda-forge napari代替python -m pip install "napari[all]"

macOS/Unix

• 从上述链接下载文件。
• 打开终端。
• 运行chmod +x ./Downloads/install_napari.command
  • 如果您收到找不到文件错误，请尝试调整路径以匹配install_napari.command下载的位置。
• 打开查找器，导航到文件，双击install_napari.command。
  • 应打开一个终端窗口并开始安装。

3. 启动插件

一旦打开napari窗口，请转到插件。

• 如果napari-allencell-annotator列出，请单击它以启动。
• 如果它没有列出
• 安装/卸载插件 ⇨ 勾选旁边的复选框napari-allencell-annotator ⇨ 关闭 ⇨ 插件 ⇨ napari-allencell-annotator .

4. 安装后重新打开插件

• Windows
  • 在文件查找器中搜索anaconda navigator
  • 单击navigator版本3
  • 一旦打开navigator，单击左侧的环境
  • 单击annotator环境并等待其加载
  • 按播放按钮
  • 在打开的提示中输入napari
  • 单击插件 ⇨ napari-allencell-annotator
• macOS
  • 打开终端
  • 逐行运行以下命令
    • conda activate napari_annotator
    • napari
  • 单击插件 ⇨ napari-allencell-annotator

从Napari Hub安装

如果您之前已在您的机器上安装了Napari，您可以按照以下步骤从Napari Hub安装插件。

1. 安装插件

• 打开Napari
• 转到 插件 ⇨ 安装/卸载插件...
• 在 可用插件 中找到 napari-allencell-annotator
• 点击 安装
• 安装完成后关闭窗口

2. 启动插件

• 单击插件 ⇨ napari-allencell-annotator
  • 您可能需要重新启动Napari，以便注解器出现在插件列表中。
  • 如果您仍然看不到插件，请转到 安装/卸载插件 ⇨ 在 napari-allencell-annotator 旁边勾选框。

快速入门

1. 打开napari
2. 启动插件
   • 打开napari，转到 插件 ⇨ napari-allencell-annotator。
3. 创建或导入注解，并添加要注解的图像。

有关更详细的用法说明，请参阅此 文档

贡献

我们非常欢迎贡献。可以使用 tox 运行测试，请在提交拉取请求之前确保覆盖率至少保持不变。

许可证

在 BSD-3 许可证下分发，"napari-allencell-annotator" 是免费和开源软件

问题

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