PyO3绑定和Python接口，用于nafcodec，一个用于Nucleotide Archive Format (NAF)文件的编码/解码器。

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  • 许可证：MIT许可证 (MIT)
  • 作者： Martin Larralde
  • 标签 nucleotide, archive, biology, bioinformatics
  • 要求： Python >=3.7
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Rust编码/解码器，用于Nucleotide Archive Format (NAF)文件.

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🗺️ 概述

Nucleotide Archive Format是2019年由Kryukov等人[1]提出的一种文件格式，用于存储压缩的核苷酸或蛋白质序列，结合了4位编码和Zstandard压缩。可以使用原始C实现压缩和解压缩NAF文件。

本库为 PyO3 提供了到 nafcodec 包的绑定，这是一个使用 nom 解析二进制格式，以及 zstd 处理 Zstandard 解压缩的 Rust 实现。它提供了一个完整的 API，允许遍历 NAF 文件的全部内容。

这是 Python 版本，还有一个可用的 Rust 包。

📋 功能

  • 流式解码器：解码器使用不同的读取器来访问压缩文件的不同区域，允许流式传输记录而不必解码整个块。
  • 文件式解码：允许解码器从类似文件的对象中读取，而不是期望一个路径。

以下功能计划中

  • 可选解码：允许解码器跳过某些字段的解码，例如在不需要时忽略质量字符串。
  • 编码器：实现编码器，使用内存缓冲区或临时文件来增长存档。

🔌 使用方法

使用 nafcodec.Decoder 来遍历 Nucleotide Archive Format 的内容，从给定的 路径样对象 或 文件样对象 中读取

import nafcodec

decoder = nafcodec.Decoder("../data/LuxC.naf")
for record in decoder:
    print(record.id)

获取的 Record 的所有字段都是可选的，并且实际上取决于压缩的数据类型。

💭 反馈

⚠️ 问题跟踪器

发现了错误？有增强请求？如果您需要报告或询问某些内容，请访问 GitHub 问题跟踪器。如果您正在报告错误，请尽可能提供关于该问题的详细信息，并尝试在简单、易于复现的情况下重现相同的错误。

📋 更新日志

本项目遵循 语义版本控制，并在 Keep a Changelog 格式下提供 更新日志。

⚖️ 许可证

本库在开源 MIT 许可证 下提供。NAF 规范属于公共领域。

本项目与原始 NAF 作者无任何关联、赞助或任何形式的认可。该项目由 Martin Larralde 在 欧洲分子生物学实验室 的 Zeller 团队 的博士项目中开发。

📚 参考资料

  • [1] Kirill Kryukov, Mahoko Takahashi Ueda, So Nakagawa, Tadashi Imanishi. "Nucleotide Archival Format (NAF) enables efficient lossless reference-free compression of DNA sequences". Bioinformatics, Volume 35, Issue 19, October 2019, Pages 3826–3828. doi:10.1093/bioinformatics/btz144

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