多模态数据集

mudatasets 提供一些包含多模态数据的公共数据集，主要关注多模态组学数据集。

MuData库 | MuData文档

安装

# Stable, with muon
pip install "mudatasets[muon]"
# Dev
pip install git+https://github.com/gtca/mudatasets

入门

import mudatasets as mds

查找可用数据集

mds.list_datasets()

加载数据集

mdata = mds.load("pbmc3k_multiome")
print(mdata)

一些常见的 .load() 属性包括

• data_dir= 用于保存数据集的位置（默认为 ~/mudatasets/）
• with_info=True 用于同时返回一个字典，包含数据集描述作为第二个参数（默认为 False）
• backed=True 用于以支持格式读取数据，仅适用于 .h5mu 和 .h5ad 文件（默认为 True）
• files= 用于从数据集中下载特定文件
• full=True 用于下载数据集中定义的所有文件（默认为 False）

获取数据集信息

mds.info("pbmc3k_multiome")

列出数据集文件名

mds.list_files("pbmc3k_multiome")

包含所有文件的网页

mds.serve_webpage(port=8000)

此命令将在 https://:8000 启动一个服务器，提供简单（临时创建）的HTML页面，包含所有列出的数据集的文件。