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MONAI Deploy App SDK

MONAI Deploy App SDK提供了一套框架和相关工具，用于设计、开发和验证医疗影像领域基于人工智能的应用程序。

功能

• 使用灵活、可扩展和易用的Pythonic API构建医学影像推理应用程序
• 通过可编程的有向无环图（DAGs）轻松管理推理应用程序
• 内置加载DICOM数据以供推理应用程序摄取的运算符
• 支持基于PyTorch的进程内推理
• 轻松将基于MONAI的前后转换集成到推理应用程序中
• 使用单个命令将推理应用程序打包成便携式MONAI应用程序包
• 使用App Runner在本地运行和调试您的推理应用程序

用户指南

用户指南可在docs.monai.io找到。

安装

要安装当前版本，您只需运行

pip install monai-deploy-app-sdk  # '--pre' to install a pre-release version.

请注意以下系统要求

• 需要Ubuntu 22.04在X86-64上，因为这是目前唯一经过Holoscan SDK测试支持的X86平台。
• 需要CUDA 12以及至少8GB视频RAM的受支持NVIDIA GPU。如果示例应用程序中没有使用AI推理且未安装GPU，则至少需要CUDA 12运行时，因为这是Holoscan SDK的要求之一，此外，必须将LIBRARY_PATH设置为包含已安装的共享库，例如在Python 3.8环境中，export LD_LIBRARY_PATH=`pwd`/.venv/lib/python3.8/site-packages/nvidia/cuda_runtime/lib:$LD_LIBRARY_PATH

入门指南

入门指南可在此处找到。

pip install monai-deploy-app-sdk  # '--pre' to install a pre-release version.

# Clone monai-deploy-app-sdk repository for accessing examples.
git clone https://github.com/Project-MONAI/monai-deploy-app-sdk.git
cd monai-deploy-app-sdk

# Install necessary dependencies for simple_imaging_app
pip install matplotlib Pillow scikit-image

# Execute the app locally
python examples/apps/simple_imaging_app/app.py -i examples/apps/simple_imaging_app/brain_mr_input.jpg -o output

# Package app (creating MAP Docker image), using `-l DEBUG` option to see progress.
monai-deploy package examples/apps/simple_imaging_app -c simple_imaging_app/app.yaml -t simple_app:latest --platform x64-workstation -l DEBUG

# Run the app with docker image and an input file locally
## Copy a test input file to 'input' folder
mkdir -p input && rm -rf input/*
cp examples/apps/simple_imaging_app/brain_mr_input.jpg input/
## Launch the app
monai-deploy run simple_app-x64-workstation-dgpu-linux-amd64:latest -i input -o output

教程

提供教程以帮助您开始使用App SDK，以下是一些教程。

1) 创建简单的图像处理应用程序

2) 创建MedNIST分类器应用程序

YouTube视频（将更新为新版本）

• MedNIST分类示例

3) 创建分割应用程序

YouTube视频（将更新为新版本）

• 脾脏器官分割 - Jupyter Notebook教程
• 脾脏器官分割 - 深入研究

4) 创建包括使用Clara Viz的可视化分割应用程序

5) 创建消耗MONAI Bundle的分割应用程序

示例

https://github.com/Project-MONAI/monai-deploy-app-sdk/tree/main/examples/apps有您可以看到的示例应用程序。

• ai_livertumor_seg_app
• ai_spleen_seg_app
• ai_unetr_seg_app
• dicom_series_to_image_app
• mednist_classifier_monaideploy
• simple_imaging_app

贡献

有关向MONAI Deploy App SDK做出贡献的指导，请参阅贡献指南。

社区

要参与，请加入日历上的MONAI Deploy App SDK每周会议，并查看会议纪要。

在Twitter上加入对话@ProjectMONAI或加入我们的Slack频道。

在MONAI Deploy App SDK的GitHub讨论标签上提问和回答问题。

链接

• 网站：https://monai.io
• API文档：https://docs.monai.io/projects/monai-deploy-app-sdk
• 代码：https://github.com/Project-MONAI/monai-deploy-app-sdk
• 项目跟踪器：https://github.com/Project-MONAI/monai-deploy-app-sdk/projects
• 问题跟踪器：https://github.com/Project-MONAI/monai-deploy-app-sdk/issues
• Wiki：https://github.com/Project-MONAI/monai-deploy-app-sdk/wiki
• 测试状态：https://github.com/Project-MONAI/monai-deploy-app-sdk/actions
• PyPI软件包：https://pypi.ac.cn/project/monai-deploy-app-sdk