mofchecker

它做什么？

mofchecker 对金属有机框架 (MOFs) 的晶体结构进行快速合理性检查。

在 https://github.com/kjappelbaum/webmofchecker 尝试实时网络应用！

合理性检查

• 至少存在一个金属、碳和氢原子
• 重叠的原子（原子间的距离大于较小原子的共价 半径）
• 碳原子（配位数大于4）、氮原子（启发式）或氢原子（CN > 1）过度配位
• C和N的常见配位几何形状中缺少氢原子（启发式）
• 原子具有过度的 EQeq 部分电荷

基本分析

• 存在浮动原子或分子
• 原子结构图的哈希值（用于识别重复项）

这些合理性检查可用于剔除不合理结构（不要太过花哨）。代码是对 structure_comp 中类似工具的重写。

🚀 安装

开发版本

pip install git+https://github.com/kjappelbaum/mofchecker.git

最新稳定版本

pip install mofchecker

注意，如果您想使用孔隙率功能，则需要安装 zeopp。

conda install -c conda-forge zeopp-lsmo

当前正在另一个存储库中开发一个Web应用程序，并在MatCloud上部署。

💪 入门指南

命令行界面

mofchecker --help # list options
mofchecker structure1.cif structure2.cif  # prints JSON output
mofchecker -d has_metal -d has_atomic_overlaps *.cif  # compute only selected descriptors

在Python中

from mofchecker import MOFChecker
mofchecker = MOFChecker.from_cif(<path_to_cif>)
# or: MOFChecker(structure=my_pymatgen_structure)

# Test for OMS
mofchecker.has_oms

# Test for clashing atoms
mofchecker.has_atomic_overlaps

# Run basic checks on a list of cif paths (sample_structures)
results = []

for structure in sample_structures:
    mofchecker = MOFChecker.from_cif(structure)
    results.append(mofchecker.get_mof_descriptors())

👐 贡献

无论您是提交问题、发起拉取请求还是分支，我们都欢迎您的贡献。有关参与的更多信息，请参阅CONTRIBUTING.rst。

⚖️ 许可证

本包中的代码采用MIT许可证授权。

💰 资金

该研究得到了欧洲研究理事会（ERC）的支持，该理事会是欧盟“地平线2020”研究和创新计划的一部分（协议号666983，MaGic），以及由瑞士国家科学基金会（SNSF）资助的NCCR-MARVEL，并得到了瑞士国家科学基金会（SNSF）的资助（项目号200021_172759）。