miniQC

miniQC是一个BIDS应用，用于执行验证之外的最小质量控制。它的目标是快速检测数据损坏，而不是数据集一致性或图像质量。

目录

• 安装
• 用法
• 测试
• 许可

安装

pip install miniqc

用法

miniqc是一个BIDS-App，因此可以按以下方式运行

miniqc /path/to/dataset /output participant

由于miniqc目前不会根据分析级别生成任何输出或修改其行为，因此输出目录和分析级别是可选的。

此工具旨在作为CLI应用程序，不提供公共API。

示例

$ miniqc tests/data/bids_dataset
[
  [
    "sub-01/anat/sub-01_acq-truncated_T2w.nii.gz",
    "FailedCheck",
    "Expected 477 bytes; found 352"
  ],
  [
    "sub-01/anat/sub-01_acq-dangling_T2w.nii.gz",
    "FileNotFoundError",
    "[Errno 2] No such file or directory: 'tests/data/bids_dataset/sub-01/anat/sub-01_acq-dangling_T2w.nii.gz'"
  ]
]

也可以使用单个文件

$ miniqc tests/data/bids_dataset/sub-01/anat/sub-01_acq-truncated_T2w.nii.gz
[
  [
    "/git/miniqc/tests/data/bids_dataset/sub-01/anat/sub-01_acq-truncated_T2w.nii.gz",
    "FailedCheck",
    "Expected 477 bytes; found 352"
  ]
]

输出

此工具的输出是一个长度为3的数组数组。每个子数组包含失败的文件（相对于数据集根目录）、错误类型和更详细的错误消息。

测试

已安装hatch项目管理工具

hatch run test:cov

或者，只需运行pytest，尽管您需要安装依赖项。

许可

miniqc在MIT许可条款下分发。