microsim

Python中的光学显微镜模拟。

该库的目的是生成高度逼真的模拟数据，例如以下内容

(此数据使用来自OpenOrganelle中的细胞jrc_hela-3的分割作为真实数据生成)

安装

从PyPI

pip install microsim

从github

要获取快速变化的最新版本，您可以从github安装。

pip install git+https://github.com/tlambert03/microsim

如果可用，microsim可以使用Jax或Cupy加速计算。这些不是默认安装的，请参阅jax或cupy的安装说明，注意您的GPU需求。计划支持torch。

使用

构建并运行一个microsim.Simulation对象。

from microsim import schema as ms
from microsim.util import ortho_plot

# define the parameters of the simulation
sim = ms.Simulation(
    truth_space=ms.ShapeScaleSpace(shape=(128, 512, 512), scale=(0.02, 0.01, 0.01)),
    output_space={'downscale': 8},
    sample=ms.Sample(
        labels=[ms.MatsLines(density=0.5, length=30, azimuth=5, max_r=1)]
    ),
    modality=ms.Confocal(pinhole_au=0.2),
    output_path="au02.tiff",
)

# run it
result = sim.run()

# optionally plot the result
ortho_plot(result)

文档

请参阅API参考（https://tlambert03.github.io/microsim/api/），了解有关Simulation对象和所有字段选项的详细信息。