mease-elabftw

一个用于与eLabFTW实验交互的Python库

• 从eLabFTW实验创建NWB元数据
• 将文件（例如来自HPC的分析结果）上传到eLabFTW实验
• 从命令行列出eLabFTW实验

设置

python -m pip install mease-elabftw

要验证对eLabFTW服务器的请求，您还需要在eLabFTW中生成一个API密钥（用户面板 -> API密钥 -> 生成API密钥），然后设置环境变量ELABFTW_TOKEN为此密钥，例如。

export ELABFTW_TOKEN=abc123abc123abc123

在Python中使用

从elabftw实验获取nwb元数据以用于mease-lab-to-nwb

>>> import mease_elabftw
>>> mease_elabftw.list_experiments("Liam")
['163: test fake experiment without json metadata (Liam Keegan, 2021-10-07)', '156: test fake experiment with json metadata (Liam Keegan, 2021-10-01)']
>>> metadata = mease_elabftw.get_nwb_metadata(156)
>>> metadata["NWBFile"]["session_description"]
test fake experiment with json metadata
>>> metadata["NWBFile"]["identifier"]
20211001-8b6f100d66f4312d539c52620f79d6a503c1e2d1

从终端使用

列出属于用户"Liam"的所有elabftw实验

$ elabftw-list Liam
163: test fake experiment without json metadata (Liam Keegan, 2021-10-07)
156: test fake experiment with json metadata (Liam Keegan, 2021-10-01)