MDAnalysis分析类命令行客户端。
项目描述
mdacli 是一个简单的命令行界面 (CLI)，用于访问 MDAnalysis 的分析类，使用 argparse。此项目处于 早期开发阶段，仍在进行中。欢迎 贡献！
要安装 mdacli，请参阅 INSTALL 文件。
运行 mdacli
mda -h
获取帮助和支持的模块概述。每个模块的帮助信息可以通过以下方式获得
mda <module> -h
可用模块
目前以下分析模块可用
模块名称 |
描述 |
|---|---|
AlignTraj |
使用选择将轨迹 RMS-align 到参考结构。 |
AverageStructure |
使用选择将轨迹 RMS-align 到参考结构，并计算轨迹的平均坐标。 |
Contacts |
基于观察量计算接触。 |
DensityAnalysis |
体积密度分析。 |
DistanceMatrix |
计算轨迹中每帧之间的成对距离 |
Dihedral |
计算指定原子组的二面角。 |
Janin |
计算选定组的 χ_1 和 χ_2 二面角。 |
Ramachandran |
计算选定组的 ϕ 和 ψ 二面角。 |
DielectricConstant |
计算平均偶极矩。 |
GNMAnalysis |
GNM 分析的基本工具。 |
closeContactGNMAnalysis |
仅使用紧密接触的 GNMAnalysis。 |
HELANAL |
在您的轨迹上执行 HELANAL 螺旋分析。 |
HoleAnalysis |
在轨迹上运行 hole 程序。 |
LinearDensity |
线性密度轮廓 |
EinsteinMSD |
通过爱因斯坦关系计算平均平方位移的类。 |
PCA |
在 MD 轨迹上进行主成分分析。 |
InterRDF |
分子间对分布函数 |
RMSD |
在轨迹上执行 RMSD 分析的类。 |
RMSF |
计算轨迹中给定原子的 RMSF。 |
有关每个模块的更多信息，请参阅帮助页面或 MDAnalysis 文档。
下载文件
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