Python中的Hetnets

包重定位

关键：这是包名从hetio更改为hetnetpy之前的最后一个发布版本。变更将在hetio/hetnetpy 存储库中进行。PyPI发布将可在https://pypi.ac.cn/project/hetnetpy/找到。

使用v0.2.11的用户在导入hetio时会看到警告。这些用户应切换到使用hetnetpy或降级到hetio<=0.2.10以避免警告。

背景

Hetnets：Hetnets，也称为异构信息网络，是具有多种节点和边类型的图。Hetnets既是多部分也是多关系的。它们提供了一个可扩展、直观且无摩擦的数据集成结构。

目的：本包为异构图提供数据结构，并为边预测算法提供支持。它仅支持异构图，这是与其他网络软件相比的主要优势。支持节点/边属性和边方向性。

动机：开发始于一个旨在预测疾病相关基因的研究，并继续进行一个后续研究，以重新利用药物。

注意：文档目前不够完整，测试覆盖范围适中，API 仍不稳定。欢迎贡献力量。请使用 GitHub Issues 进行反馈、提问或故障排除。

安装

请使用 Python 3.4 或更高版本。要安装当前 PyPI 版本（推荐），运行

pip install hetio

对于最新的 GitHub 版本，运行

pip install git+https://github.com/hetio/hetio.git#egg=hetio

对于开发，克隆或下载并解压缩仓库。然后从仓库根目录运行 pip install --editable .。--editable 标志指定 可编辑模式，因此更新源代码将更新您的安装。

安装完成后，可以从仓库根目录运行 py.test test/ 来执行测试。

设计

Graph 对象存储异构图，并依赖于以下类

1. Graph
2. MetaGraph
3. Edge
4. MetaEdge

发布说明

本节仅适用于项目维护者。Travis CI 部署用于将发布版本上传到 PyPI 和 GitHub 发布。要创建新版本，请执行以下操作

1. 在 __init__.py 中增加版本号。

2. 在 release-notes 中添加发布说明文件。格式化为将用作 GitHub 发布描述的提交消息。

3. 运行以下命令

TAG=v`python setup.py --version`
git add hetio/__init__.py release-notes/$TAG.*
git commit --message "Prepare $TAG release"
git push
git tag --annotate $TAG --file release-notes/$TAG.*
git push upstream $TAG

4. 建议：编辑 GitHub 发布以改进格式并添加 Zenodo 徽章。