A Python interface to gb-io, a fast GenBank parser and serializer written in Rust.

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  • 作者： Martin Larralde
  • 标签 genbank, parser, sequence, record
  • 要求： Python >=3.7
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🧬🏦 gb-io.py Stars

A Python interface to gb-io, a fast GenBank parser and serializer written in Rust.

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🗺️ 概述

gb-io.py 是一个Python包，提供了一个到 gb-io 的接口，这是一个使用Rust实现的非常快速的GenBank格式解析器和序列化器。它的速度比 Biopython 或 scikit-bio 解析器要高得多。

此库没有外部依赖，适用于所有现代Python版本（3.7+）。

为了提高性能，该库实现了一种按需复制模式，因此数据仅在实际上被访问时才在Python堆上复制，而不是在对象创建时。例如，如果解析器的消费者只需要GenBank特征而不是记录序列，则序列将不会复制到Python bytes对象。

🔧 安装

直接从PyPi安装gb-io包，该包提供了预编译的wheel，可以使用pip进行安装

$ pip install gb-io

提供了适用于常见平台（如x86-64 Linux、Windows和MacOS）以及Aarch64 Linux和MacOS的wheel。如果没有可用的wheel，将下载源代码分发，并下载Rust编译器的本地副本以构建该包，除非主机机器上已安装。

📖 文档

完整的API参考可以在在线文档中找到，或者可以直接使用pydoc从命令行访问。

$ pydoc gb_io

💡 使用

使用gb_io.load函数来获取文件中所有GenBank记录的列表

records = gb_io.load("tests/data/AY048670.1.gb")

支持从类似文件的对象中读取，包括文本和二进制模式

with open("tests/data/AY048670.1.gb") as file:
    records = gb_io.load(file)

还可以使用gb_io.iter方法迭代文件中的每个记录，而无需将整个文件内容加载到内存中，该方法返回一个迭代器而不是一个列表

for record in gb_io.iter("tests/data/AY048670.1.gb"):
    print(record.name, record.sequence[:10])

可以使用gb_io.dump方法将一个或多个记录写入文件（可以是路径，也可以是文件类似句柄）

with open("tests/data/AY048670.1.gb", "wb") as file:
    gb_io.dump(records, file)

📝 示例

以下小型脚本将从一个GenBank文件中提取所有CDS特征，并将它们以FASTA格式写入输出文件

import gb_io

with open("tests/data/AY048670.1.faa", "w") as dst:
    for record in gb_io.iter("tests/data/AY048670.1.gb"):
        for feature in filter(lambda feat: feat.type == "CDS", record.features):
            qualifiers = feature.qualifiers.to_dict()
            dst.write(">{}\n".format(qualifiers["locus_tag"][0]))
            dst.write("{}\n".format(qualifiers["translation"][0]))

与使用Bio.SeqIO.parse、Bio.GenBank.parse和Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner.parse_cds_features的类似实现相比，性能如下

gb_io.iter GenBankScanner GenBank.parse SeqIO.parse
时间（s） 2.264 7.982 15.259 19.351
速度（MiB/s） 136.5 37.1 20.5 16.2
加速 8.55倍 2.42倍 1.27倍 -

💭 反馈

⚠️ 问题跟踪器

发现了一个错误？有增强请求吗？如果您需要报告或询问某些内容，请访问GitHub问题跟踪器。如果您正在报告错误，请尽可能提供有关问题的信息，并尝试在简单、易于复现的情况下重现相同的错误。

🏗️ 贡献

欢迎贡献！有关更多详细信息，请参阅CONTRIBUTING.md。

⚖️ 许可证

该库是在MIT许可证下提供的。《code>gb-io Rust crate包由David Leslie编写，并受MIT许可证的约束。该包还提供了一些其他包的源代码，这些包受Apache-2.0、MIT或BSD-3-Clause许可证的约束；有关更多信息，请参阅每个转售依赖项的源代码副本中分发的许可证文件。

本项目与原始gb-io作者无任何关联、赞助或认可。该项目由Martin Larralde在欧洲分子生物学实验室的Zeller团队的博士项目期间开发。

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