基因融合的可计算对象表示和验证
项目描述
FUSOR
概述
FUSOR (FUSion Object Representation) 提供了用于表示基因融合的精确、可计算的结构的建模和验证工具，该结构遵循 VICC 基因融合规范。它还提供了访问转录本选择和坐标转换工具的便捷方式，并能够生成可读的融合 命名法。
安装
FUSOR 可在 PyPI 上找到
python3 -m pip install fusor
请参阅文档中的安装说明，了解依赖项设置的要求。
使用
通过核心 FUSOR 类提供融合和子组件构造函数
>>> from fusor import FUSOR
>>> f = FUSOR()
>>> fusion = f.fusion(
... structure=[
... {
... "type": "GeneElement",
... "gene": {
... "type": "Gene",
... "label": "EWSR1",
... "id": "hgnc:3508"
... }
... },
... {
... "type": "UnknownGeneElement"
... }
... ],
... assay={
... "type": "Assay",
... "methodUri": "pmid:33576979",
... "assayId": "obi:OBI_0003094",
... "assayName": "fluorescence in-situ hybridization assay",
... "fusionDetection": "inferred",
... },
... )
>>> fusion.type
<FUSORTypes.ASSAYED_FUSION: 'AssayedFusion'>
请参阅文档中的使用部分，了解更多特性和代码示例。
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| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 55f36655c31e4e737b9c2183b007e67833227e311e6e182e6881e0b76f84132a |
|
| MD5 | f6ef57d0a7d5e90f7dfdaca252fb8697 |
|
| BLAKE2b-256 | dd25e131f61549b1e6eb220090db254881f166a642ba04aedeeb3c4383e21658 |
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| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8592d030a0c9ddebe4a980fb8ac7f7a3d96af6a1da835deaa8fb1d271660118e |
|
| MD5 | 4eed275ffcec768ed7b3f65fbc58f125 |
|
| BLAKE2b-256 | 62aaf7f281d25d3f452e2d2cf8048061ae0d33a66958968783b6558319ae972a |