Python中用于开放生物医学本体论的无误AST。

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`fastobo-py`

Python中用于开放生物医学本体论的无误AST。

概述

fastobo 是一个Rust库，实现了一个可靠的OBO文件格式1.4解析器。此扩展模块导出惯用的Python绑定，可用于加载、编辑和序列化OBO格式的本体。

安装

如果您的平台没有可用的预构建二进制文件，您将需要安装Rust编译器。有关如何在您的计算机上安装Rust的信息，请参阅rust-lang.org上的文档。

安装通过 pip 支持

$ pip install fastobo --user

使用方法

可以使用 fastobo.load 函数从路径或二进制文件句柄实例化一个 OboDoc 对象，或者使用 fastobo.loads 函数从一个字符串实例化。

import fastobo
obodoc = fastobo.load("../data/ms.obo")

支持从 gzip 文件加载

import fastobo
import gzip
gzdoc = fastobo.load(gzip.open("../data/cl.obo.gz"))

由于 pyo3（用于生成 Python 绑定的库）的限制，注释可以解析但不能编辑和序列化。它们在 fastobo 的 Rust 版本中得到支持。

反馈

发现了错误？有增强请求吗？如果您需要报告或询问，请访问项目的 GitHub 问题跟踪器。如果您正在提交错误，请尽可能提供有关问题的详细信息，并尝试在简单、易于重现的情况下重现相同的错误。

以下人员为此项目做出了贡献

Alex Henrie (@alexhenrie)
Patrick Kalita (@pkalita-lbl)

关于

该项目由 Martin Larralde 在 BBOP 团队的劳伦斯伯克利国家实验室的硕士实习期间开发，由 Chris Mungall 监督。引用此项目如下：

Larralde M. 开发 Python 和 Rust 库以改进本体生态系统 [版本 1；未经同行评审]。 F1000Research 2019，8(ISCB Comm J)：1500（海报）(https://doi.org/10.7490/f1000research.1117405.1)

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MacOS 的损坏的通用 2 轮子

0.12.0 已撤回

2022 年 7 月 8 日

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MacOS 的损坏的通用 2 轮子

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0.11.0

2022 年 1 月 23 日

0.10.2.post1

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0.6.1

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0.2.0

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2019年6月3日

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fastobo-0.12.3-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl (2.0 MB 查看哈希值)

上传时间：2023年12月6日 CPython 3.9 manylinux: glibc 2.17+ ARM64

fastobo-0.12.3-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl (1.7 MB 查看哈希值)

上传时间：2023年12月6日 CPython 3.9 macOS 11.0+ ARM64

fastobo-0.12.3-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl (1.8 MB 查看哈希值)

上传时间：2023年12月6日 CPython 3.9 macOS 10.9+ x86-64

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fastobo-0.12.3-cp38-cp38-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl (2.0 MB 查看哈希值)

上传于 2023年12月6日 CPython 3.8 manylinux: glibc 2.17+ ARM64

fastobo-0.12.3-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl (1.7 MB 查看哈希值)

上传于 2023年12月6日 CPython 3.8 macOS 11.0+ ARM64

fastobo-0.12.3-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl (1.8 MB 查看哈希值)

上传于 2023年12月6日 CPython 3.8 macOS 10.9+ x86-64

fastobo-0.12.3-cp37-cp37m-win_amd64.whl (1.6 MB 查看哈希值)

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上传于 2023年12月6日 CPython 3.7m manylinux: glibc 2.17+ ARM64

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fastobo-0.12.3.tar.gz的哈希值

fastobo-0.12.3.tar.gz的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`f375932a24b078706797eb9296740f2d2e6987a34309bda7c9f235aba1d74217`
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fastobo-0.12.3-pp310-pypy310_pp73-win_amd64.whl的哈希值

fastobo-0.12.3-pp310-pypy310_pp73-win_amd64.whl的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`958da0f135270da6fcfb8181114e5f631e77bc11ad897112039764af19085183`
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哈希值用于 fastobo-0.12.3-pp310-pypy310_pp73-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

fastobo-0.12.3-pp310-pypy310_pp73-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`34781dd51ad9589e6b73bf6c3854edd22a6aba4d78d9ef17fcba3448b8501abe`
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哈希值用于 fastobo-0.12.3-pp310-pypy310_pp73-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

fastobo-0.12.3-pp310-pypy310_pp73-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`4071609ee8c8e87b03b2e786c6bd6d6845eb3580410bf95ee29c445699a99530`
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哈希值用于 fastobo-0.12.3-pp310-pypy310_pp73-macosx_10_9_x86_64.whl

fastobo-0.12.3-pp310-pypy310_pp73-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`c8fba47c98201d0c3b0c515e1ded7608a1f3015a5a0a34df8d6cbf201d58a00e`
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哈希值用于 fastobo-0.12.3-pp39-pypy39_pp73-win_amd64.whl

fastobo-0.12.3-pp39-pypy39_pp73-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`5e6f20a884c9409e9968e77ee74d407564814f2360dfc35440de268d753ad85e`
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哈希值用于 fastobo-0.12.3-pp39-pypy39_pp73-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

fastobo-0.12.3-pp39-pypy39_pp73-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`e180e7dcf53e6fc774230d8a53212c7f710b2265ef2b3b07fe4fc75226bae17c`
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
SHA256	`29f5180c37428af74ff80f08a4889d13fb716a6ee858debd00ac805f7c4f792b`
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算法	哈希摘要
SHA256	`4c3bdbc447398a21b5ea35195bf1541f8634d86680ed763b71aa99928859bc2e`
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算法	哈希摘要
SHA256	`4589124050eab5517416a357b8e0c50ecbd36a7caaf3428b3b403f8147858986`
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算法	哈希摘要
SHA256	`75977f4cbdfd7b371b9c4107de953c3bd1a57201cec7c877a9a64eff7817b8ce`
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算法	哈希摘要
SHA256	`fa6aaa4380825692c863f2cf9a0ad667973af8dd9162fd8282331464489b3f6c`
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算法	哈希摘要
SHA256	`09714ec07d4b0211a3ada40b7b1bfcca64aa01ba24c50d39c4d367bea058f996`
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算法	哈希摘要
SHA256	`68841568868408ac1b020d436ce29de50c7457031051d8d7389dc8d838cb244f`
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算法	哈希摘要
SHA256	`673aa41d260869ba6ae07aaa716c78cb26203662e61b3e401b006d85d748cf76`
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哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp312-cp312-macosx_10_9_x86_64.whl

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算法	哈希摘要
SHA256	`a9d6502e397bcb644ada900e33ea70683006c23598758f829be7210e375f7952`
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哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp311-cp311-win_amd64.whl

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算法	哈希摘要
SHA256	`5566f9f54f836e29edbdae15d22b11982db73fedfaefcbe5cc9f10f2568179a4`
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BLAKE2b-256	`71bef3d871c5ade5960c7be3475da5461bdaa9d654aba73648321c1eaf60eb15`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

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算法	哈希摘要
SHA256	`debab1d3144506a9b4c0d98261ecf7bdcadb5f420843358188b11bc9312aec90`
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BLAKE2b-256	`235671bb19b601ca16bfc4ef75ad4ee1c1f492ea3d2c21737c9b6ac2ce642147`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp311-cp311-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

fastobo-0.12.3-cp311-cp311-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`2fed9875760ea2f0d7d9a3697f83a3168c3cd46005b41096dafbae97220a9637`
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BLAKE2b-256	`e0e46763baf33487cd34253870e9b6bbcdd8d2ab9ce3e58f53d222144f9ce0ff`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl

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算法	哈希摘要
SHA256	`b496e003db5ae1d27de3c5078a3a00d1bcb84b436eb68461a55efd3af979bbc6`
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BLAKE2b-256	`3688dfa03441c9cf9ee5433edeb1a8295a1d28a7b85b8738f7f49547f783b053`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl

fastobo-0.12.3-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`7862627caf2deda767a8b5278f7da3bf6cb8173130505f7aed03c41d5b512de9`
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BLAKE2b-256	`1121fa4726611b9111f7f06e365e32cfe02f286ee747eca3761a82366d4ef284`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp310-cp310-win_amd64.whl

fastobo-0.12.3-cp310-cp310-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`c8f73c80ae92fd7ba8e0532880b53308200563a7ce2137ed751dd3bfb5dcde88`
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BLAKE2b-256	`93e5dff9b9f023b59dc88e0f8cb3d7e4956f8ccbb355840aa36218a002f7cae4`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

fastobo-0.12.3-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`922e61874e3c436c1990fb741f69b15c8395d1c760c569f2b4f024c7d315a0f4`
MD5	`b4ac4b478ced4f35e643a99c24fc8eb2`
BLAKE2b-256	`4e72cb9fa4dc9b3d15a16aa86add09e5f758a9e1f9ba23ec45a714815319b8df`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

fastobo-0.12.3-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`42b5cc3676bfbe902632075455eb8faef2e3c2812423bb172e0c9bb905e93e04`
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BLAKE2b-256	`97f23413ce3b273a6bc675c40b491be5fa25154a61444f41b246209b2094f6ea`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl

fastobo-0.12.3-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`21c347ec270d0ef6e120ba701370a8ef20953654b397d2814f62595d4d7c0062`
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BLAKE2b-256	`7740005475de59d7d9364379871240c6a6a6aaf8069a79aa83b2ee23d0f89f58`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl

fastobo-0.12.3-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`79fe4f5ba1ec1a2bc1ca0d65834cfc622db639128ba89019328937e623c54094`
MD5	`1599847a1b72dabb66ed2ef034888492`
BLAKE2b-256	`783a6729c07900377545e10336b5ee2e023045a2ed435cc396c2d3e1bc7a5a84`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp39-cp39-win_amd64.whl

fastobo-0.12.3-cp39-cp39-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`32ce37ba36f3b5e7b6642b6c0e5b9a0a6d95f78e5e98901f45cbbc958665fe46`
MD5	`dfe1960c7f2471f8cd55694280b1ca5c`
BLAKE2b-256	`0482af36c30a60cf486dec5b65146fa61c7da0d7292742177491df4ba26f26c4`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

fastobo-0.12.3-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`c6acd98a335375c384e236b1e37867150b3b067f3a161c0cfe6a3dcf74aa9bd0`
MD5	`43fcc009854b0103ade007b62f096da2`
BLAKE2b-256	`ef7f03430d80e01d62f292d6504b89b414004fbe8f52329d5f23976bb014e9ac`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

fastobo-0.12.3-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`5cdbd0c52a5d0d43035b21294579b73439889e4af08eb5739dc94a59caaa861f`
MD5	`b3dc0c5f50d2cccf5436b94b20f39431`
BLAKE2b-256	`1bcab18c4136ef565e4cf2f846ac6188fe40a99b43ab55d06028b981c015f483`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl

fastobo-0.12.3-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`e1ea49a9f0b8c8a51d920cb2782c88ddb66f44e81db55ee876ccbc6a2c3a12d2`
MD5	`0fbf433315b55d579637402dd62017e9`
BLAKE2b-256	`8c1ee3c9e7bd4f263d3a35002003f2150cf57dc2cd6c702fc3efcaf8e17326a3`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl

fastobo-0.12.3-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`eea6e991a4e9c0f9e4c752125f72c22ed27fb8ea3c08e4610b1264c3a3100979`
MD5	`249ad839447094d7718e7e6bb7f67557`
BLAKE2b-256	`0bcf23a91f6e8d67512ac2f5219a93b50246f675e139e90890016095247ec6e7`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp38-cp38-win_amd64.whl

fastobo-0.12.3-cp38-cp38-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`bd6d4c7be54900022f85403b5c65f80b2b27997e185920a5e50471bf66e7ff08`
MD5	`41285093dd1516487ac1a05dae83d608`
BLAKE2b-256	`5ab75a43d38a17eecca315db81f21ca0cc6e8488742e240b4d0ae1cfe6727011`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

fastobo-0.12.3-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`377ecc157842a10ecc8a00c8d9ea9f380010cbb1ee123db42b7aca78d6c12cd9`
MD5	`493a23c440ab6b4a7bac2cf4b577130d`
BLAKE2b-256	`2cbdeab3984f78570bd40e34e0b1c80638915d2c011294569c9d95d01f8e6048`

哈希值用于 fastobo-0.12.3-cp38-cp38-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

fastobo-0.12.3-cp38-cp38-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`5a73ba3d593d420675691e53698cdc21b4500b17036ee80bd26b5acea03192e8`
MD5	`5af29b7246fc0c1e8a56fce9df5cb617`
BLAKE2b-256	`1e739bb8edc6386181abca882361df0d4559ed83a9ec97517309887587c04524`

哈希值 for fastobo-0.12.3-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl

fastobo-0.12.3-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`727743ff6353eb5d2982568e585b7b69fed9f6e63a141ebbbbd3f5d79a4ea8bd`
MD5	`afbf46097da2bd156ec556a68ab3ce6e`
BLAKE2b-256	`e64ba2992a4d41917dd9dc1c3633092772625c1ed11362338512198030720c9c`

哈希值 for fastobo-0.12.3-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl

fastobo-0.12.3-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`525cf2eebb584e5e2a2fe7c9aca4172109a8bdc008cf5699d14ffbd15a136cae`
MD5	`a7a030fcfb04e8bceab3439a5389b42d`
BLAKE2b-256	`a99034cc6d72ff0250b7d6bdfe8e0c0939a0b822a5d440f1cbb4a6655d13611c`

哈希值 for fastobo-0.12.3-cp37-cp37m-win_amd64.whl

fastobo-0.12.3-cp37-cp37m-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`64e028355b7ca9fb4d2b8f688759e04a7c48c08db55aaafdc599dca9bc4d70fe`
MD5	`cbe978e5cfb13c1bc7028563dcb1ec16`
BLAKE2b-256	`c4f081b9f98a0a5fbfdeacbaa7f4aae763e4668dd9bbf10a65eb54ad2b7efb5b`

哈希值 for fastobo-0.12.3-cp37-cp37m-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

fastobo-0.12.3-cp37-cp37m-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`d7cce0096b09a73fef542c17899f84db1234aff7d6bc12c1b8b86e109613bfa0`
MD5	`51612675bd575fe9e15b7003a87ea9ce`
BLAKE2b-256	`a6bd27a62d0f70c77c05304ef1728881251e8b3ff0ac51d1c1be5aa94c5d8bb4`

哈希值 for fastobo-0.12.3-cp37-cp37m-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

fastobo-0.12.3-cp37-cp37m-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`9739bb54c025679108a1ba8638f327ddddb68d7cdd666fd9009a72597a590560`
MD5	`d5a168cf118ad4a1ce03080587aba7d0`
BLAKE2b-256	`b473f4b6df45635145da995eee2996d7fc8b24081b4a72235a739ac18b2036a3`

哈希值 for fastobo-0.12.3-cp37-cp37m-macosx_10_9_x86_64.whl

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算法	哈希摘要
SHA256	`fa546543209f3ce95b23c767dd4c2ae4181a81526e8ab2df4a0c079b4073ef72`
MD5	`21bdeb0c67ebe33ba58361f211463159`
BLAKE2b-256	`d4cded53d6c2e3a3dad9e78fba16a864500b663b584fa73bc25277544d3a4720`

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