extract_model

简化了海洋模型输出的读取和提取。大多数函数适用于结构和非结构化模型输出。非结构化功能已通过FVCOM和SELFE输出进行测试。

特别是这个包可以

• 使用select()将模型时间序列插值到二维网格上的经纬度位置，同时携带计算的z坐标
• 将插值权重保存以在访问器中节省时间（如果使用），或允许用户输入
• 使用xESMF进行快速插值，同时尊重经纬度网格
• 在sel2d()中使用xoak找到水平网格（结构化或非结构化）上经纬度位置的最近网格点
• xoak保存计算出的索引，以便后续搜索更快
• 使用sub_bbox()和sub_grid()以两种方式选择结构化或非结构化网格的子区域
• 有xarray访问器，方便访问方法
• 使用cf-xarray来理解xarray数据集元数据，并允许使用通用的轴和坐标名称，以及计算垂直坐标
• 可以预处理各种模型输出类型（包括ROMS、HYCOM、POM和FVCOM），以改进元数据和易于使用

:warning: 如果您正在使用 Windows：由于 Windows 上无法安装 xESMF，当前在 extract_model 中水平插值功能将无法正常工作。其他功能将正常工作。

该项目基于 cookiecutter science project 模板。

安装

从 conda-forge 安装

这将适用于所有操作系统

conda install -c conda-forge extract_model

但它只包含最基本的要求。如果您想安装包以运行示例文档笔记本并使非结构化网格子集更快，则可以额外安装 Windows

$ conda install --file conda-requirements-opt-win.txt

为运行示例文档笔记本、水平插值（使用 xESMF）以及使水平子集更快，为 Mac 和 Linux 安装额外的包

$ conda install --file conda-requirements-opt.txt

从 PyPI 安装

pip install extract_model

使用环境

克隆仓库

$ git clone https://github.com/axiom-data-science/extract_model.git

在 extract_model 目录中，安装 conda 环境（适用于 Mac 或 Linux）

$ conda env create -f environment.yml

或 Windows

$ conda env create -f environment-win.yml

本地

对于本地包安装，在克隆仓库后，在 extract_model 目录中

$ pip install -e .

开发

要开发此包，请使用以下命令安装额外的包

$ conda install --file requirements-dev.txt

然后，在提交和推送到 github 之前，在本地运行以检查代码

$ pre-commit run --all-files