一套用于3D+t图像处理和分析的napari插件，有助于研究发育生物学。
项目描述
devbio-napari
一套用于3D+t图像处理和分析的napari插件，有助于研究发育生物学。
- 加速像素和对象分类
- 实例分割
- 语义分割
- 对象分类
- 随机森林分类器训练
- 动画
- 可视化
- blob检测
- 检测
- 亮度对比度
- 可视化
- 聚类绘图器
- 可视化
- 绘图
- 语义对象分割
- 降维
- 无监督机器学习
- 裁剪
- 转换
- 帘幕
- 可视化
- czifile2
- 文件输入/输出
- 文件夹浏览器
- 文件输入/输出
- 层详细信息显示
- 可视化
- 鼠标控制
- 交互
- PlatyMatch
- 图像配准
- 绘制轮廓
- 可视化
- 量化
- 插件搜索
- 交互
- pyclesperanto-assistant
- 过滤
- 实例分割
- 语义分割
- 量化
- pystackreg
- 图像配准
- 运动校正
- RedLionfish
- 去卷积
- 处理
- 兴趣区域
- 手动分割
- 分割带有膜的blob和事物
- 过滤
- 实例分割
- 语义分割
- simpleitk图像处理
- 过滤
- 实例分割
- 语义分割
- 量化
- skimage-regionprops
- 量化
- tabu
- 交互
- 分割游戏
- 量化
- 分割质量保证
- 工作流程检查器
- 可视化
- 工作流程优化器
- 交互
- 优化
安装
您可以通过conda/mamba安装devbio-napari。如果您之前从未使用过conda，请先阅读此指南。
首先，在您的base环境中安装mamba。
conda install mamba -c conda-forge
之后，使用mamba创建一个环境。
mamba create --name devbio-napari-env python=3.9 devbio-napari -c conda-forge -c pytorch
之后，按照如下方式激活环境
mamba activate devbio-napari-env
之后，从命令行运行此命令
naparia
应该会打开此窗口。它显示了助手图形用户界面。更多关于如何使用它的信息请参阅其文档。
故障排除：显卡驱动程序
如果错误信息包含“ImportError: DLL加载失败，在导入cl时指定程序未找到” 另请参阅或“clGetPlatformIDs失败：PLATFORM_NOT_FOUND_KHR”，请安装您显卡和/或OpenCL设备的最新驱动程序。根据您的硬件从以下列表中选择正确的驱动程序源
有时，mac用户需要安装此软件
conda install -c conda-forge ocl_icd_wrapper_apple
有时，Linux用户需要安装此软件
conda install -c conda-forge ocl-icd-system
如果第一次尝试安装失败，您可能需要调用此命令行来重置napari配置
napari --reset
故障排除：pytorch
如果pytorch相关的插件失败，请按照其网站上的说明安装pytorch。考虑将给定的说明中的conda替换为mamba。
例如，如果您手头有NVidia GPU，可以按如下方式安装pytorch
mamba install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia
或者，如果没有
mamba install pytorch torchvision torchaudio cpuonly -c pytorch
贡献
非常欢迎贡献。如果您想建议一个新的napari插件成为此发行版的一部分，请确保它与其他插件良好兼容。例如，如果您建议的插件提供了细胞分割算法，请检查分割后的细胞是否可以使用napari-skimage-regionprops进行分析。此外，请确保您提出的插件的README包含用户文档，例如带有截图的逐步指南，说明用户可以使用该插件做什么以及如何使用它。建议提供示例数据，以便最终用户可以在开发时尝试该插件。
许可证
根据BSD-3许可证分发，“devbio-napari”是免费和开源软件
问题
如果您遇到任何问题，请提交问题并附上详细描述。
devbio-napari-0.10.1.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | c0bd80fbd3087128690259e25ecc5b13f42c09a99617229f97d6b696279d32a0 |
|
| MD5 | be363995a489c30fac66610f4eab911f |
|
| BLAKE2b-256 | 966e84c18240c175b40f8d0ef162fe45987001744e37a445d63a6d73892b41d8 |
devbio_napari-0.10.1-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 1c3ebc6e9ed386a8f84c1fe9b6abf0e6996167cc1785222ebd7c938ac83230f1 |
|
| MD5 | 08494f6632d14d0f558b7f16452b8aba |
|
| BLAKE2b-256 | 897271138bb4904ead1228634d38d0d6b5b2038348e9edb9b33b4f0ac1258896 |