DataLad扩展，用于处理UKBiobank

该软件是DataLad扩展，为DataLad提供了一套命令来获取（并监控）UKBiobank的成像数据发布（有关更多信息，请参阅文档）。

UKBiobank是一个国家和国际卫生资源，具有无与伦比的研究机会，对所有真正的研究人员开放。UK Biobank旨在提高预防、诊断和治疗各种严重和危及生命的疾病——包括癌症、心脏病、中风、糖尿病、关节炎、骨质疏松症、眼科疾病、抑郁症和痴呆症。它正在追踪500,000名志愿者参与者的健康和福祉，并向英国和国外的批准研究人员提供不识别他们的健康信息。

此扩展提供的命令

• ukb-init -- 初始化现有数据集以跟踪UKBiobank参与者
• ukb-update -- 更新现有UKBiobank参与者的数据集

安装

在安装此软件包之前，请确保您已安装了最新版本的git-annex。安装完成后，从PyPi安装datalad-ukbiobank的最新版本。建议使用专门的virtualenv。

# create and enter a new virtual environment (optional)
virtualenv --system-site-packages --python=python3 ~/env/datalad
. ~/env/datalad/bin/activate

# install from PyPi
pip install datalad_ukbiobank

您还需要下载由UK Biobank提供的ukbfetch实用程序。有关详细信息，请参阅ukbfetch文档。

使用方法

要追踪单个参与者（例如ID：1234）的UKB数据，首先创建并初始化一个新的数据集

% datalad create 1234
% cd 1234
% datalad ukb-init --bids 1234 20227_2_0 20227_3_0 25755_2_0 25755_3_0

在此示例中，仅选择了两个数据记录，每个记录有两个实例。但是，也支持其他任何选择。使用--bids标志可以启用一个额外的数据集布局，具有类似于BIDS的结构。

初始化后，您可以在任何时候运行ukb-update来（重新）从UKB下载数据，并更新数据集以纵向追踪更改。

datalad -c datalad.ukbiobank.keyfile=<pathtoaccesstoken> ukb-update

这将维护两个或三个分支

• incoming：追踪原始的UKB下载
• incoming-native：使用UKB命名约定进行单文件访问的提取下载的“原生”表示
• incoming-bids：使用BIDS约定（如果通过ukb-init --bids启用）的替代数据集布局

然后可以将更改手动合并到主分支。或者，ukb-update --merge自动合并incoming-native（如果启用，则为incoming-bids）。

与预下载的数据一起使用

如果将ukbfetch实用程序替换为从已下载位置获取相关文件的shim，则可以避免重新下载（同时保持所有其他功能）。示例脚本在tools/ukbfetch_surrogate.sh中提供。

使用此脚本的一种简单方法是在例如~/env/datalad/bin/添加符号链接

ln -s tools/ukbfetch_surrogate.sh ~/env/datalad/bin/ukbfetch`

在非UNIX-like操作系统上使用

此代码依赖于许多POSIX文件系统功能，这可能会使其在Windows上运行有些困难。欢迎对将此扩展移植到非POSIX平台做出贡献，但目前不支持此功能。

支持

有关如何使用或为DataLad（以及此扩展）做出贡献的一般信息，请参阅DataLad网站或主GitHub项目页面。

有关此软件的所有错误、疑虑和改进请求都可以在这里提交：https://github.com/datalad/ukbiobank/issues

如果您有问题或想询问有关如何使用DataLad的问题，请在NeuroStars.org上提交问题并添加datalad标签。NeuroStars.org是一个类似于StackOverflow的平台，但致力于神经信息学。

所有以前的数据Lad问题都可以在这里找到：http://neurostars.org/tags/datalad/

致谢

此开发得到了欧洲联盟“地平线2020”研究和创新计划的支持，项目协议为VirtualBrainCloud (H2020-EU.3.1.5.3，资助号826421)。